在文献阅读时,时常会看到热图,热图不仅炫酷美观,而且直观地表达分析结果,在文章中有不可或缺的地位。了解热图的绘制,不仅可消除对热图等看似高大上的图形的恐惧感,也可在我们文献阅读时更加从容,今后也尝试去绘制这样炫酷的热图。
常见的绘制热图的方法有很多,如用Graphpad Prism 8.0绘制、Calypso在线绘制、Origin绘制、R语言绘制,Heml等等都是不错的方法。下面我们对这些常用的方法做一一的介绍:
一、 Excel绘制热图
Excel绘制“条件格式”--“色阶”--“其他规则”也可绘制热图(图1):
图1
二、Calypso在线绘制热图
1、第一步输入网址:
http://cgenome.net:8080/calypso-8.84/faces/uploadFiles.xhtml,进入Calypso文件导入,第二步上传mappingfile文件basic格式。第三步是数据的过滤和标准化,根据需要更改框内参数,一般用默认值即可。第四步,界面选择上方蓝色工具栏Basic, 单击第一项Quantitative Visualization,在Type中选择HeatMap,进入如下界面(图2)。
图2
在此界面中,可设置热图的各种参数,如显示物种等级,热图颜色,分类信息,图像格式,图像尺寸等。如OTU数目太多,可选择reads数较多的OTU进行显示,默认值是前20个,可根据个人需要进行更改。参数设置完成后,单击蓝色键Draw Chat,即可出图。右键单击图片,选择图片另存为,即可保存。结果示例见图3。
图3
三、 Origin绘制热图
Origin软件也可以绘制热图,Origin Central(快捷键F11)可找到热图绘图示例教程(图4):
图4
进入示例后点击Tutorial即可查阅教程(图5):
图5
图6
目前Heatmap Illustrator版本1.0.1,可适用于多种操作平台(图7):
图7
Heatmap Illustrator官网有详细教程(http://hemi.biocuckoo.org/faq.php)(图8):
图8
五、 R语言绘制热图
最后R也可以绘制热图(图9):
图9
六、Graphpad Prism 8.0绘制热图
Graphpad Prism 8.0绘制热图时大家比较熟识的,在此就不过多介绍,网上也有很多的教程。