AngioTool:全面血管网络分析的实用小工具

好论文更需配好图,看到过n多CNS文章中的颜值爆表的配图,却只能羡慕?好不容易做出漂亮的工作却没法漂亮的展示出来?岂不是很忧伤~今天为大家介绍CNS都在用的图片分析工具——AngioTool

 

废话不说,先奉上用AngioTool制作的心脏血管的图片,颜值杠杠滴!

 

Nature 522, 62–67 (04 June2015)(doi:10.1038/nature14483)心脏血管

 

颜值是有了,但是要如何定量分析血管网络呢?PS手动设置路径进行测量?那你试试下面这图?

 

Elife. 2017 Apr 11;6.pii: e24419. (doi:10.7554/eLife.24419)视网膜血管

 

血管网络的定量分析使用手动分析肯定是非常不靠谱的!既浪费了大量的时间,分析结果又不准,误差大。

AngioTool是一款界面友好、免费获取的能够进行全面血管网络分析的实用小工具。可以测量一系列形态学指标和空间参数,例如血管网络的总体大小血管的总长度平均长度血管密度孔隙率(反映血管的不均匀性)以及分支指数(分支总数/血管网络分布面积)。

如何获取AngioTool?

AngioTool可在https://ccrod.cancer.gov/confluence/display/ROB2/Home免费下载。可根据需要下载Windows 32/64位的软件,安装即可。

 

如何使用AngioTool?

Step1:

打开安装好的AngioTool,界面如下:

 

界面非常简洁,最上方式Open Image(打开图片),Run analysis(开始分析),Exit(退出),点击Help可以查看软件的简明使用指南。Analysis下可以设置分析的参数:待分析血管的直径、强度需要移除的小粒子的大小,填充孔。最下面SavingPreferences选择保存位置,选择保存分析结果。

Step2:

打开分析图片:

在Setting下可以看见打开图片颜色标识的意义:

 

 

Step3:

调整待分析血管的直径和强度(根据实际情况调整):

 

 

Step4:

点击Run analysis(开始分析),得到分析结果:

 

除了得到分析的图片外还可以得到一个Resultsexcel表格:

 

 

AngioTool可以便捷地用于不同血管网络的分析,再复杂的网络也是难不倒它的!看看以下例图!

 

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