今天为大家安利针对circRNA研究14大数据库，从基础研究到临床样本，涉及肿瘤和非肿瘤疾病数据，全方位武装头脑，让你对circRNA了如指掌！
1、TSCD数据库
TSCD数据库，全名Tissue-SpecificCircRNA Database，组织特异性的circRNA数据库，数据库特点为“组织特异性”，数据库网址为 http://gb. whu. edu. cn/TSCD/。该数据库提供了人类和小鼠主要组织中组织特异性cir cRNA 的全局视图，并有助于识别器官发生和发育相关疾病的新型标志物。
目前大多数研究 circRNA 的数据库采用的算法都是用来鉴定 circRNA 分子的TSCD 数据库在整个转录组水平上鉴定并明确了人类成人和胎儿组织以及小鼠组织中 circRNA的特征和功能。T5CD 数据库从 ENCODE 以及 GEO 数据库中共收集了 16 种人类成人组织。
2、CSCD数据库
为明确癌症特异性的 circRNAs (cancer-specific circRNAs, CS-circRNAs) ,CSCD 数据库使用了四种算法来识别circRNA的反向剪切位点，其中任意一种算法检测到反向剪切位点即被纳入到数据库中:
1.CIRI2
2. find circ
3. circRNA_finder
4.Circexplorer
CSCD 数据库较于其他circRNA 数据库有一个较为明显的改进，就是同时提供了GRCh37 ( hg19)及GRCh38 (hg38)的基因注释信息，避免了用户另外再进行转换的麻烦，毕竟目前大多数数据库使用的都是hg19，而测序公司给的数据以 hg38居多,CSCD数据库从癌症细胞系中共收录了443061条circRNA,并进一步将其与正常细胞系中鉴定的1 121871条 circRNA 进行比较，最后得到272152条肿瘤特异性circRNA。这些CS-cincRNA中，共有119 887条位于外显子区域，105 398条位于内含子区域，31 575位于基因间区域。CSCD数据库同时发现了许多其他数据库尚朱收录的cincRNA。
circRNADb是一个综合性的circRNA信息查询数据库,收集文献中报道的circRNA相关数据集加以分析。由于原始数据集可能存在假阳性(circRNA两端的序列来自不同基因)和信息冗余，开发者使用GTF 文件对其进行了筛选，共得到 32,914个人类外显予eircRNA，并列出了其详细的基因组信息，包括最匹配的转录本和相应的外显子剪接信息、基因组序列,以及所有可能的剪接异构体和相应的外显子剪接信息。开发者还注释了具有蛋白质编码潜力的c ircRNA 的IRES 序列元件以及开放阅读框(ORF)，并提供了其蛋白质表达的质谱学证据。此外，cincRNA翻译的蛋白质的特性，包括结构域、N-糖基化位点、粘蛋白0-糖基化位点以及磷酸化位点也在数据库中有所展示。
Circinteractome数据库全称：Circular RNA Interactome，网址为：https://circinteractome.nia.nih.gov/，功能特点：（1）探索circRNA与RBP的潜在相互作用，（2）设计特异性趋异引物以检测circRNA，（3）研究组织和细胞特异性circRNA，（4）鉴定基因特异性circRNA，（5）探索与circRNA相互作用的潜在miRNA，以及（6）设计特异性siRNA以沉默circRNA。
5、Kaplan-meier Plotter数据库
Kaplan-meier Plotter数据库基于GEO、EGA以及TCGA 等公共数据库的基因芯片和 RNA-seq数据构建而成，评估了54,675个基因在21种癌症中对于生存率的影响，包括乳腺癌(6234例)、卵巢癌(2190例)、肺癌(3452例)和胃癌(1440例)。Kaplan-meier Plotter 数据库通过整合基因表达信息以及临床预后价值进行Meta分析以及生存相关分子标志物的研究、发现以及验证。
circBank数据库于2018年7月正式上线，是由广州密码子基因科技公司主持开发的针对人circRNA 的综合性数据库。circBank一共收录了140790条不同来源的人c ircRNA 的注释信息,并结合每一条circRNA的宿主基因名称,转录起始和终止位点提出了一个全新的circRNA命名伴系。cincBank除了可以显示 circRNA诸如染色体定位,宿主基因等基本信息，还提供了许多新功能，如预circRMA结合的靶miRNA (miRanda&Targetscan)及结合位点，circRNA编码蛋白的潜能，保守性分析(人和小鼠)，突变位点注释，m6A甲基化修饰以及IRSS位点预测。
7、circR2disease数据库
与circRNA disease数据库类似，circR2disease数据库通过在 Pubmed中检索”circRNA", "circular RNA" , " circRNA cancer","circRNA disease" ," circRNAtumor"以及"circRNA meoplasm"等关键词，手动收集并整理了2018年3月31日之前发表的论文，最终得到了739个条目，包括725个circRNA—疾病关系对，661个circRNA以及100种疾病。条目里的信息包括circRNA的名称,坐标，宿主基因的名称，疾病的名称，circRNA的表达模式(上调/下调)，通过何种实验技术检测到的（qRT-PCR,RNAi,northern blot, western blot，以及荧光素酶报告基因实验）以及文献中关于该circRNA的简要说明及出版年份等。同时，相关条目还提供了指向circBase,MalaCards 以及 NCBI Pubmed ID等数据库的超链接。
8、MioncoCirc数据库
MioncoCirc数据库网址为https://mioncocirc.github.io/，进入数据库主页面。功能有四个部分:"Home","Download Data" , "Query Data”, " About Us"”。在"Home"模块，介绍了研究团队借助 MiOncoCirc数据库已发表的成果。下方的三张图片总结为四个词"PansCancer"，“Capture Sequencing"，“Biomarkers”，“rt-circRNAs"，反映了MiOncoCirc数据库最大的四个亮点。
9、TransCirc数据库
TransCirc数据库，是研充circRNA编码小肽的数据库。
10、CircAtlas数据库
circAtlas数据库，综合了我们既往讲过的所有circRNA 数据库相关的内容，包括结合miRNA，结合RBP，circRNA 编码小肽，疾病相关性，组织特异性，物种多样性，甚至还有ID转换的功能。更值得关注的是circAtlas数据库通过构建circRNA—miRNA/RBP/mRNA网络对circRNA的功能进行了GO/KEGG富集。
11、TRCirc数据库
TRCirc数据库，TR即 transcriptional regulation，跟转录调控有关。
12、circpedia数据库
circpedia数据库的特色在于其通过分析GEO, ENCODE 以及 EMBL-EBl等数据库的185个 RNA-seq数据集，一共涵盖了人、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇以及线虫等6个物种，并通过LiftOver分析了人和小鼠circRNAs序列的保守性。网址 http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia，主页上面导航栏包括"Search”,"Browse","Download"，"Tool"，"About"以及右侧的"CIRCpedia v1"。页面中央显示了circpedia v2数据库所收集的各个物种的 RNA-seq数据集以及circRNA的数量。
13、exoRBASE数据库
exoRBASE数据库网址 http://www.exorbase.org/ 可见数据库简介，该数据库基于归一化处理的人类血液外泌体RNA-seq数据和已发表文献数据进行整合,旨在表征人类血外泌体中circRNA、lncRNA和 mRNA表达及可视化结果、功能注释和可能的组织来源信息，识别血液外泌体分子标记，为疾病循环标志物的发现和功能预测研究提供便利。
14、circRNADisease数据库
cirCRNADisease数据库善于800多篇报道circRNA与疾病相关的文献，收集了330circRNA与48种疾病之间的354对相互联系，其中肿瘤相关疾病占54%，心血管和脑血管相关疾病占27%。
