Cytoscape:玩转炫酷的网络通路图

 

网络分析工具不仅可以便捷直观的看到基因之间的关系和功能,也可以组和组之间的联系,其中今天向大家推荐的是Cytoscape,童鞋们不会编程或者是懒于用R去做网络通路图的都很适合,而且Cytoscape支持的网络种类很多。比如蛋白互作(PPI)、转录调控网络图(TF-target)、网络聚类模块分析(Module)、miRNA调控靶标基因网络图、竞争性内源RNA网络(ceRNA)、通路交互网络(pathway-crosstalk),文章引用量非常多。

 

首先我们进入官网(http://www.cytoscape.org/)下载并安装 cytoscape 软件。点击“Download”下载与操作系统匹配的版本,安装按照提示操作即可。(如图1)也可以使用网络可视化的js版,在浏览器和手机上都可以使用,主要是用Extrensions拓展。

 

cytoscape网络可视化的js版

图1

 

Cytoscape网络分析

 

1、创建网络,可以是R或者是Excel文件

 

2、导入数据文件,Cytoscape支持多种数据文件格式有sif格式、xgmml格式,txt格式(用tab分割的纯文本文件)如图2

 

Cytoscape网络分析

图2

 

导入数据文件network table在网络图中作为线存在,为连接nodes;导入的节点属性文件node attributes中第二列的mutation信息,作为node color;节点属性文件node attributes中第三列expression信息,作为node size

 

3、设置网路要素:点node、线edge

 

默认的节点和边的颜色不怎么好看,可以通过左侧的 Control Panel 进行修改。左 下角的“Node”,“Edge”“Network”按钮分别可以修改节点、边以及网络整体的属性。如图3

 

设置网路要素:点node、线edge

图3

 

一般如果节点比较多的时候,节点之间很容易堆叠,可以通过鼠标左键选中某个 节点,对其进行拖动,使之达到较为理想的效果。

 

4、导出网络图

 

最后通过 File--Export--Network View as Graphics 导出成(table格式)以及图片(pdf等格式 )。

 

如果对图片不是很满意,下次还想接着再修改,那么可以将已编辑好的图片导出 成 XGMML 格式的文件,下次想编辑的时候用上面同样的方法打开即可修改。

 

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