网络分析工具不仅可以便捷直观的看到基因之间的关系和功能，也可以组和组之间的联系，其中今天向大家推荐的是Cytoscape，童鞋们不会编程或者是懒于用R去做网络通路图的都很适合，而且Cytoscape支持的网络种类很多。比如蛋白互作（PPI）、转录调控网络图（TF-target）、网络聚类模块分析（Module）、miRNA调控靶标基因网络图、竞争性内源RNA网络（ceRNA）、通路交互网络（pathway-crosstalk），文章引用量非常多。
首先我们进入官网（http://www.cytoscape.org/）下载并安装 cytoscape 软件。点击“Download”下载与操作系统匹配的版本，安装按照提示操作即可。（如图1）也可以使用网络可视化的js版，在浏览器和手机上都可以使用，主要是用Extrensions拓展。
图1
Cytoscape网络分析
1、创建网络，可以是R或者是Excel文件
2、导入数据文件，Cytoscape支持多种数据文件格式有sif格式、xgmml格式，txt格式（用tab分割的纯文本文件）如图2
图2
导入数据文件network table在网络图中作为线存在，为连接nodes；导入的节点属性文件node attributes中第二列的mutation信息，作为node color；节点属性文件node attributes中第三列expression信息，作为node size
3、设置网路要素：点node、线edge
默认的节点和边的颜色不怎么好看，可以通过左侧的 Control Panel 进行修改。左 下角的“Node”,“Edge”“Network”按钮分别可以修改节点、边以及网络整体的属性。如图3
图3
一般如果节点比较多的时候，节点之间很容易堆叠，可以通过鼠标左键选中某个 节点，对其进行拖动，使之达到较为理想的效果。
4、导出网络图
最后通过 File--Export--Network View as Graphics 导出成（table格式）以及图片（pdf等格式 ）。
如果对图片不是很满意，下次还想接着再修改，那么可以将已编辑好的图片导出 成 XGMML 格式的文件，下次想编辑的时候用上面同样的方法打开即可修改。
