生物评论周报194期-Cell:Th17细胞在自身免疫过程中产生致病性效应T细胞

1、Cell:干细胞样肠道Th17细胞自身免疫过程中产生致病性效应T细胞

2021年12月6日,来自美国哈佛医学院Vijay K. Kuchroo、Aviv Regev等研究人员合作在《细胞》杂志上发表标题为“Stem-like intestinal Th17 cells give rise to pathogenic effector T cells during autoimmunity.”的研究论文,发现干细胞样肠道Th17细胞在自身免疫过程中产生致病性效应T细胞。

研究人员通过结合命运图谱和超过84,000个Th17细胞的转录组和TCR克隆型的剖析,在体内描述了在平衡状态和中枢神经系统自身免疫性炎症期间组织Th17细胞的异质性、可塑性和迁移表型。器官间和器官内的单细胞分析显示,一个稳定的、类似干细胞的TCF1+ IL-17+ SLAMF6+群体被输送到肠道,在那里它被微生物群维持,为IL-23驱动的致脑性GM-CSF+ IFN-γ+ CXCR6+ T细胞的产生提供了一个现成的细胞库。这项研究确定了IL-17+非致病性和GM-CSF+及IFN-γ+致病性Th17群体之间的直接体内关系,并提供了一种机制,通过这种机制,肠道Th17细胞可指导肠外自身免疫性疾病。

据介绍,虽然肠道Th17细胞对维持组织平衡至关重要,但最近的研究表明它们在肠道外自身免疫性疾病(包括多发性硬化症)的发展中发挥了作用。然而,组织Th17细胞介导这些对立功能的机制仍然是未知的。

Highlights

  • Combined scRNA/TCR-seq reveals extensive heterogeneity of tissue Th17 cells
  • Th17 cells exhibit strong tissue-specific signatures
  • Stem-like SLAMF6+and pathogenic CXCR6+ Th17 populations are induced in autoimmunity
  • IL-23 converts the stem-like IL-17+to the pathogenic GM-CSF+ IFN-γ+ population

 

(评论:这项研究确定了干细胞样肠道Th17细胞向致病性Th17细胞的转变,解释了EAE 期间关于IL-17+与GM-CSF+ IFN-γ+致病性T细胞的争议,且这一概念可能同样适用于其他自身免疫性疾病。此外,该研究还提出针对干细胞样肠道Th1 群体和IL-23R信号传导可能会更有效地控制许多人类自身免疫性疾病。)

文章来源:

Alexandra Schnell, Linglin Huang et al, Stem-like intestinal Th17 cells give rise to pathogenic effector T cells during autoimmunity. DOI: 10.1016/j.cell.2021.11.018

Cell最新IF:36.216

 

2、Cancer Cell:绘制肝内胆管癌蛋白基因组图谱

2021年12月30日,来自复旦大学樊嘉等研究人员合作在《癌细胞》杂志上发表了题为“ Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma.”的研究论文,绘制出肝内胆管癌的蛋白基因组图谱。

研究人员利用262名患者的配对肿瘤和邻近的肝脏组织对肝内胆管癌(iCCA)进行了蛋白基因组学特征分析。综合蛋白基因组学分析优先考虑了基因畸变,并揭示了iCCA发病机制的特征。黄曲霉毒素特征与肿瘤的发生、增殖和免疫抑制有关。与突变相关的信号谱显示,TP53和KRAS共同突变可能通过integrin-FAK-SRC途径促进iCCA的转移。FGFR2融合激活了Rho GTP酶途径,可能是新抗原的潜在来源。

蛋白质组分析确定了四个患者亚组(S1-S4),并有亚组特异性生物标志物。这些蛋白质组亚组在预后、基因改变、微环境失调、肿瘤微生物群组成和潜在的治疗方法方面具有明显的特征。SLC16A3和HKDC1被进一步确定为与iCCA细胞的代谢重编程有关的潜在预后生物标志物。

(评论:这项研究为研究人员和临床医生提供了宝贵的资源,可用于进一步确定iCCA的分子发病机制和治疗机会。)

Highlights

  • Proteomic subgroups linked to iCCA patient survival, treatment, and molecular features
  • TP53KRASFGFR2IDH1/2, and BAP1 showed diverse pathways and therapeutic potential
  • Immunogenomics revealed the peptide immunogenicity derived from FGFR2 fusion
  • HKDC1 and SLC16A3 as significant prognostic indicators with biological functions

 

文章来源:
Liangqing Dong, Dayun Lu et al,  Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma. DOI: 10.1016/j.ccell.2021.12.006, 最新IF:23.916

 

3、Cancer Cell:完成检查点抑制剂治疗黑色素瘤的多组学分析

2021年12月23日,来自澳大利亚悉尼大学Georgina V. Long及其课题组合作在《癌细胞》杂志发表了标题为“Multiomic profiling of checkpoint inhibitor-treated melanoma: Identifying predictors of response and resistance, and markers of biological discordance.”的研究成果,完成检查点抑制剂治疗黑色素瘤的多组学分析。

研究人员同时检查了77名接受抗PD-1治疗或不接受抗CTLA-4治疗的晚期皮肤黑色素瘤患者基线肿瘤的全基因组、转录组、甲基组和免疫细胞浸润情况。结果表明,高肿瘤突变负荷(TMB)、新抗原负荷、IFNγ相关基因的表达、程序性死亡配体表达、低PSMB8甲基化(因此高表达)以及肿瘤微环境中的T细胞与免疫疗法的反应有关。没有特定的突变与治疗反应相关。结合TMB和IFNγ相关基因表达的多变量模型可以有力地预测反应(89%的敏感性,53%的特异性,曲线下面积[AUC],0.84);具有高TMB和高IFNγ特征的肿瘤对免疫疗法的反应最好。

这个模型在一个独立的队列中得到验证(80%的敏感性,59%的特异性,AUC,0.79)。除了JAK3功能缺失的突变外,对于那些没有预测反应的患者,没有明显的生物机制可以清楚地解释他们的离群状态,这与免疫治疗反应的瘤内和瘤间异质性相一致。

Highlights

  • Multiomic analysis predicts response but not resistance to immunotherapy
  • Nonresponders had no common mechanisms of resistance
  • Structural rearrangements and PSMB8 promoter methylation occurred in nonresponders
  • JAK3 mutation was a possible resistance mechanism in a patient predicted to respond

 

文章来源:

Felicity Newell, Ines Pires da Silva et al, Multiomic profiling of checkpoint inhibitor-treated melanoma: Identifying predictors of response and resistance, and markers of biological discordance. DOI: 10.1016/j.ccell.2021.11.012, Cancer Cell最新IF:23.916

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