3种最好用的基因组浏览器/编辑器(Genome Viewers/Editors)

摘要

想了解感兴趣生物体的整个基因组,但不知道哪个基因组浏览器/编辑器好用,没关系,真福利送你,实力推荐3种最好用的Genome Viewers/Editors!

当您需要在分子生物学中看到“大局”时,您需要查看感兴趣的生物体的整个基因组。

 

从我所看到的,大多数人不这样做;研究人员一般的工作计划只包括深入基因组来寻找特定的基因/蛋白序列(除非它们的工作包括基因组分析,系统发育等)。

 

其实整个基因组视图(genome view)不仅能帮助您全面的了解正在研究的系统,还可以为一些研究提供非常有用的策略,如敲除和同源重组,在这些研究中,提前知道什么是围绕你的目标序列是至关重要的。

 

一些在线和离线的基因组浏览器可用,每个都有自己的优缺点。下面给大家推荐3种最好用的基因组浏览器/编辑器。

 

Artemis

 

Artemis是Sanger研究所提供的基因组浏览器。它是一个基于java的工具,具有3盘式界面窗口,以各种分辨率描绘基因组。不同分辨率之间的交替是有点棘手的,但一旦掌握了它,这不应该是困难的。还有一个搜索工具可以让您跟踪您要查找的特定功能。

 

Artemis的一个很大的特点是它允许编辑序列注释和功能。虽然这个工具不是很完美,有时候有点繁琐,但确实能完成一些工作。

 

Artemis支持最常见的文件类型-EMBL,GENBANK,FASTA或原始格式。可以以EMBL,GENBANK或GFF格式添加额外的序列特征。

 

我最喜欢Artemis的一点是:Artemis有一个网页版本和一个脱机版本,这意味着一旦你习惯了,你可以在有Java的任何一台电脑上运行它。

 

Apollo

 

Apollo基因组浏览器是另一个基于java的基因组浏览器和注释工具。它是运行大多数在线基因组浏览器的Gmod项目的一部分。该工具来自伯克利果蝇基因组计划和Sanger研究所之间的合作。 Apollo拥有与Artemis所提供的功能相似的功能,但我发现该界面的用户友好性差。但这只是一个个人意见,所以Apollo和Artemis,您都可以尝试下,并决定哪个适合自己。再次,用户指南将帮助您充分利用Apollo。

 

The NCBI Genome Workbench

 

ncbi

 

NCBI基因组工作不仅仅是基因组浏览器。顾名思义,它是一个完整且可自定义的工具,可让您组织序列数据,您可以从NCBI数据库或自己的文件中检索项目,然后以各种方式查看和操作它们。没有在线版本,但下载和安装NCBI基因组工作台是非常简单的。

 

该软件允许您查看序列,比如平面序列文件,系统发育树,对齐及更多。

 

优秀的可缩放图形模式是这个工作平台的真正实力。它可以让您轻松地浏览不同细节级别的序列数据 - 单个基因可以单独观察或在其基因组背景中进行查看,并可从图形视图直接进行比对。还提供了一套好的对齐分析工具,BLAST和分析结果可以保存到您的项目中,这使您可以很好地跟踪序列数据和分析。

 

该工具支持相当多的文件格式,我没有使用FASTA和大多数其他文件格式的问题。然而,当我尝试导入一个GFF3格式的Dictyostelium完整的第一染色体时,该程序不断崩溃,所以很明显,一些bug仍然需要解决。

 

NCBI基因组工作台提供一个非常好的想法,和一些有用的工具,使该工作平台成为很多研究人员的首选。该网站有一套全面的说明教程,可帮助您快速掌握使用方法。

 

还等什么,赶紧去尝试一下如上提到的3种Genome Viewers/Editors吧!总有一款会适合您的研究。

 

jieweitu

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