SC2disease:单细胞测序的研究工具

今天介绍的数据库针对单细胞测序的研究工具,数据库名字叫:SC2diseasesSC2disease中收集了341种细胞类型和29种组织中与22种疾病有关的基因表达。囊括了目前已发表的22种疾病的单细胞测序研究,直接可以用!参考数据库有:Disease,Ontology,MeSH,Gene Ontology,GWAS Catalog,KEGG,Uniprot,所以信息会很全面,大家快去围观吧!数据库网址:http://easybioai.com/sc2disease/

 

SC2disease 单细胞测序

Fig 1|网站首页图

 

在网站首页右侧将有数据的疾病都已展示出来了,包括肿瘤和非肿瘤疾病的共22种,点击选择对应的疾病可了解,其中有每个疾病的详细信息包括:Gene,Variable Name,Paper ID(PMID)等等。

SC2diseases
fig 2| 来源easybioai网站截图(中文为浏览器翻译)

 

例如我们已Melanoma为例,点击“Gene”可跳转到NCBI网站,查看基因信息,Variable Name这列里则包含不同的类型,有logFC,会有提示“The full name of LogFC is log2(Fold change). The value logFC was generated from gene expression comparison. The subjects of comparison are described in the column Differential Gene Expression (DEG) Comparison.”表示差异分析的结果单位。

 

Melanoma

而且每个疾病下展开的信息都是可以下载的,在列表的最上面的图标那,点击Detail则可以展示该基因和研究的相关信息比如:细胞类型信息,疾病资讯和基因信息

Detail

 

数据库很友好的提高了检索的功能,点击网站菜单分类的"Search"的检索功能,用户可以输入疾病名称,基因名称或细胞类型来访问样本数据中的关联。下图显示了检索疾病名称的过程。

 

sc2disease的Search功能

当然最重要的是网站数据库中每个疾病的基因可进行分析的功能,用户直接点击分析功能即”Analysis“,就可以根据DiseaseGene进行分析,找找自己感兴趣的基因在疾病的单细胞数据中的差异表达情况。

其中还将单细胞数据和GWAS数据结合起来,展示了GWAS数据中结果显著的基因在单细胞中的log2FC和GWAS中的Pvalue。用户可通过点击“Select disease”的下拉选项来选择疾病,点击Visualize可以查看如下图所示的结果。点击Display,则可展示一个表格,表格里有GWAS结果显著的基因以及在疾病的不同细胞里的信息。

 

具体更多的功能就不一一赘述了,当然还有其他更多可以辅助到单细胞测序研究的数据库工具,比如:Cell BLAST(用于scRNA序列数据查询和注释),scTPA(用于单细胞转录组分析和注释),PanglaoDB(单细胞分群注释marker)等等,后期会陆续更新上来,欢迎大家持续关注我们~

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