磷酸化修饰具有简单、灵活、可逆的特性,以及磷酸基团的供体ATP的易得性,是真核细胞中常见的调控手段。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程,几乎调节着包括细胞的增殖、发育、分化、细胞骨架调控、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩、新陈代谢及肿瘤发生等生命活动的所有过程。而随着高通量蛋白组学技术的发展,研究者的研究过程中产生了海量的磷酸化组学数据,但是怎么样分析利用这种庞大的数据是一个大问题,今天小编给大家介绍的这个数据库完成了收集、整合的工作,可以为大家研究磷酸化信号通路提供帮助。
qPhos: http://qphos.cancerbio.info/
使用上,网站的用户体验还是不错的,网站首页提供快速搜索框。
在网站的Browse栏,用户可以浏览不同实验条件下、不同细胞株、不同基因的磷酸化信息。点击其中一个就会自动搜索跳转,展示结果,同时也可以在结果展示栏里添加条件过滤结果。
结果栏里包含蛋白在Uniprot的编号、基因名、磷酸化的氨基酸在蛋白中的位置、序列信息、样本名、样本类型、实验条件、检测方法、磷酸化差异结果及显著性。每一个条件都可以进行过滤筛选。
点击+号可以查看更多详细信息:
Aboutexperiment栏是关于该位点结果的实验信息。
Potential kinases and their inhibitors 栏是展示可能修饰该蛋白的蛋白激酶和这些激酶的抑制剂,抑制剂的信息是从Drugbank获取的。
Sequence and structure栏展示蛋白的序列和结果信息,通过移动箭头所指的灰色柱子的位置可以查看蛋白不同位置的信息,包括无序区域、二级结构和表面可及性。
About protein栏则包含了关于蛋白的其他各种信息
除了Browse栏,Search栏则提供了高级搜索模式,使用界面简洁
作为数据库的另一个亮点qKinAct,qPhos收集了所有已知与激酶活性相关的磷酸化位点,用户可通过提交定量磷酸化蛋白组的数据,而得到激酶谱被激活的情况供用户参考。使用时,用“*”表示被修饰的磷酸化位点。
这个数据库对于研究磷酸化与疾病相关的研究者来说真是福音啊。