在这里所示的蛋白质纯化指导原则可以被用于任何纯化过程，并且可以作为如何系统化处理样品的建议，用来研制任何有效的纯化策略。
1、明确目标
对于纯化样品，明确最终产品需要达到的纯度、活性和产量要求，要避免过度纯化或者使用的纯化不够，达不到要求的纯度。
2、明确需要纯化的目标蛋白质的特性和关键的杂质
对纯化技术的选择要简单化，并且要产生最佳的纯化效果。
3、发展检测分析技术
能够快速的检测蛋白质的活性/回收率和关键的污染物。
4、使每一阶段处理的样品最小化
避免过多的处理步骤，过多的处理步骤有可能会损失样品活性/降低回收率。
5、尽可能少地使用添加剂
可能需要额外的纯化步骤去除添加剂，否则添加剂可能会干扰样品的活性分析。
6、尽早去除对样品有损伤的杂质
例如，蛋白酶
7、在每一步纯化过程中使用不同的纯化技术
充分利用样品的特性对样品进行分离纯化（样品大小、电荷、疏水性、配基的特异性）
8、使用的纯化步骤尽可能少
额外的纯化步骤将会减少目标蛋白的产量和增加纯化时间，要合乎逻辑的组合纯化步骤。
保持简单化！！
