Metascape-基因功能分析网站

关于基因功能注释(GO和KEGG之类的)已有介绍,大概大家最常用的工具是DAVID,但其更新速度一直被吐槽,太慢了~,今天给大家介绍一个非常好用的网站Metascape(http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1),更新更快,效果更好!

 

Metascape的数据不仅更新快,其覆盖面也相当广泛。从数据库种类来说,Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源,使其不仅能完成通路富集和生物过程注释,还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析,致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。

下面我们来介绍常用到的Metascape的基础用法——Express Analysis

 

第一步:提交基因列表

 

首先上传基因list,可以是文件,也可以直接复制粘贴到下面的框里,Metascape支持3种gene list提交格式,分别是Excel表格,CSV格式与TXT文本格式。(注意:如果想将不同的list分别进行分析,则一定要勾选最上方的【Multiple Gene List】选项,否则Metascape会将多个list整合成一个list一起分析。)

 

第二步:选择物种信息

 

第三步:点击【Express Analysis】,Analysis Report Page查收结果。

 

基因功能富集分析

 

基因信息注释

 

 

基因功能聚类网络图

 

 

灵活的进阶用法-Custom Analysis

 

前两个步骤和Express Analysis是一样的,只有在第三个步骤的时候,换成点击右边的Custom Analysis即可。

 

首先,第一个步骤是进行gene ID的转换。虽然在输入时,Metascape支持用户以多种gene ID进行数据输入,但是在实际处理过程中,不论用户输入什么类型的ID,都要先经过转化变成相应的Entrez Gene ID,才能进入后续的分析步骤。在这一步,用户可以根据自己的需求,对提交的基因进行初步筛选。

 

 

第二个步骤Annotation,用户可以根据自己的需要,选择自己感兴趣的,想在结果中体现的基因注释项目来进行勾选。勾选完成之后,点击左上角的Apply按钮运行。

 

 

第三步Membership,支持用户自行选择通路富集、生物过程富集、功能相关和产物分析等每一个注释步骤所用到的数据集,并可以在搜索框中输入感兴趣的字段,比如GO中的某一个或某几个term,或者一些功能性的描述,以便进行更有针对性地分析。

 

输入完成感兴趣的字段之后,点击左侧的Search按钮进行查找,之后点击左上方Apply生成这一步骤的结果。

 

最后一个步骤Enrichment,则支持用户选择通路和功能富集过程中的各项指标,以及蛋白质互作网络形成过程中的各项指标。用户可以根据自己的需求,来设定显著性阈值,网络中包含元素的最大或最小值,以及分析步骤中想用到的数据集等参数。

 

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目前评论:1   其中:访客  1   博主  0

  1. avatar 小盆 0

    请问,大神,如何输入基因序列?