黑腹果蝇，是实验最常见的果蝇类型，也是生物学中使用的最古老和最强大的模型系统之一。果蝇饲养成本低廉，寿命较短，繁殖能力比哺乳动物模型更高，拥有特色的基因工具来研究许多分子和细胞问题，这取决于其遗传学的特性。
与人类不同，果蝇只有四条染色体：三条常染色体，代表2、3和4，以及两条可能的性染色体，分别代表X和Y。
与哺乳动物不同的是，决定果蝇性别的并不是Y染色体的存在或缺失。如果果蝇只有一个X染色体的拷贝，那么它就是雄性果蝇。如果有两个拷贝，则是雌性的。虽然Y染色体确实含有一些对成年雄性果蝇精子形成和精子活力很重要的基因，但它并不能从本质上决定性别。X染色体编码对细胞功能很重要的基因，因此，当对X染色体进行操作时，决定应该使用雌性还是雄性果蝇就变得很重要。
从外观上看，可以通过比较雄蝇和雌蝇生殖器的形状和颜色，以及它们腿上没有或没有性毛状物来区分雄蝇和雌蝇。成年雄蝇腹部下端有深色、圆形、复杂的结构，包括生殖器(阴茎、侧板、生殖弓)。而雌性果蝇的生殖器又轻又尖，几乎没有可见的结构。除了生殖器的颜色和形状不同，雄蝇还在前腿的第四节显示一套独特的性毛状物。这些细胞像一排粗大的刚毛，在它们的腿上看起来像一个黑色的团块，雄性果蝇在交配时用它们来抓住雌性果蝇。
虽然在显微镜下可以很容易地看到雄蝇和雌蝇成虫的表面区别，但雄蝇和雌蝇幼虫的区别要微妙得多。果蝇幼虫是由肌肉、肠、脂肪、心脏、大脑和气管组成的小管，这些小管都被坚固而柔韧的半透明角质层包裹和保护着。一些果蝇生物学家说雌性果蝇的幼虫比雄性果蝇的幼虫要大，但是这一区别并不容易量化，在实验室操作也不好评判。相反，确定幼虫性别的最好方法是利用表皮的半透明，寻找生殖腺的存在与否。在雄性幼虫中，性腺是大的、圆形的、半透明的盘状器官，可以通过腹部下部的角质层看到。在雌性果蝇中，这些半透明的圆盘是不存在的。
如下是一个固定的第三龄幼虫的例子，幼虫的头部用黄色的星星表示，箭头指向生殖腺的存在。事实上，这是一个半透明的圆盘，这是一只雄性幼虫。
固定幼虫的另一张照片，我们看到左右两边的性腺都靠在白色的气管上，再次证明这是一只雄蝇。当幼虫爬行时，你会看到这些圆盘在每次收缩时都沿着体壁移动，但仍保持相对位置。
雌性幼虫不会出现明显的圆盘。相反，你看到的主要是脂肪和肠道。
果蝇幼虫的性别鉴定是一项细致入微的技能，需要时间和练习。为了检查是否正确，可以用一个小实验来测试。取一些幼虫，确定它们的性别，然后把它们放在各自的食物瓶里，让它们蜕皮直到成年。确定成虫的性别，并与幼虫的性别进行比较。
