1.Molecular Cell：FTO介导RNA的各种去甲基化
发现的第一个RNA去甲基化酶FTO介导内部N 6 - 甲基腺苷（m 6A）和N 6,2 O-二甲基腺苷（m 6A m）在mRNA的5'帽的+1位置的去甲基化。 在这里，芝加哥大学的何川研究组证明FTO的细胞分布在不同细胞系之间是不同的，影响FTO对不同RNA底物的接近。 他们发现FTO结合多种RNA种类，包括mRNA，snRNA和tRNA，并且可以使mRNA内部m 6A和cap m 6A m去甲基化，U6 RNA内部m 6A，snRNA中内部和帽6 m m，以及N 1 tRNA中的甲基腺苷（m 1A）。 FTO介导的去甲基化对具有内部m 6A的mRNA的转录水平的影响大于在测试细胞中具有cap m 6A m的mRNA的转录水平。 他们还表明FTO可以通过催化m 1A tRNA去甲基化直接抑制翻译。 总的来说，FTO介导的RNA去甲基化发生在mRNA和snRNA中的m 6A和m 6A m以及tRNA中的m 1A。
Research summary
From Molecular Cell，Differential m6A, m6Am, and m1A Demethylation Mediated by FTO in the Cell Nucleus and Cytoplasm.
DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.08.011
2.蛋白质条形码实现单细胞水平的CRISPR Screen
CRISPR池被广泛用于鉴定基因功能。然而，利用DNA作为条形码的现有技术允许有限的表型分析和体细胞分辨率。为了实现新颖的筛选功能，本研究开发了一种在蛋白质水平上运行的条形码系统。研究者合成了编码线性表位的三联体组合的模块，以产生> 100个独特的蛋白质条形码（Pro-Codes）。将表达Pro-Code的载体引入细胞中并通过CyTOF质谱法分析。仅使用14种抗体，他们检测到364个Pro-Code群体;建立最大的蛋白质记者集。通过将每个Pro-Code与不同的CRISPR配对，他们同时分析了数十种敲除的多种表型标记，包括磷酸化信号。 Pro-Code / CRISPR筛选发现两个干扰素刺激的基因，即免疫蛋白酶体组分Psmb8和伴侣蛋白Rtp4，对于癌细胞的抗原依赖性免疫编辑是重要的，并且将Socs1鉴定为Pd-l1的负调节物。 Pro-Code技术可以同时对单细胞分辨率的100个基因进行高维蛋白质水平表型分析。
Figure 1 Single-Cell Analysis of 120 Pro-Code-Expressing Populations.
Frome cell: Protein Barcodes Enable High-Dimensional Single-Cell CRISPR Screens
https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.09.022
3.CRISPR-Cas引物采集复合物单分子表征
CRISPR-Cas系统赋予针对病毒的适应性免疫。在病毒注射后，Cas1-Cas2将病毒基因组的区段（间隔区）整合到CRISPR基因座中。在I型CRISPR-Cas系统中，有效的“引发”间隔物获得和病毒降解（干扰）需要Cascade复合物和Cas3解旋酶/核酸酶。在这里，研究者提出了Thermobifida fusca（Tfu）引物采集复合物（PAC）的单分子表征。研究表明，TfuCascade通过促进一维扩散快速取样非特异性DNA。 Cas3在靶标结合的Cascade上加载，而Cascade / Cas3复合物通过环状DNA中间体转运。 Cascade / Cas3复合物在不同的蛋白质路障中停滞，导致在失速位置发生双链断裂。相比之下，Cas1-Cas2通过3D碰撞瞬时对DNA进行采样。此外，Cas1-Cas2与Cascade结合并与Cascade / Cas3易位，形成PAC。 PAC可以取代不同的蛋白质障碍，这表明了远程间隔物获取的机制。这项工作为基于CRISPR的适应性免疫的协调步骤提供了分子基础。
Figure 2 Graphical Abstract.
From Cell，Assembly and Translocation of a CRISPR-Cas Primed Acquisition Complex.
DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.09.039
