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1.Molecular CellFTO介导RNA的各种去甲基化

 

发现的第一个RNA去甲基化酶FTO介导内部N 6 - 甲基腺苷(m 6A)和N 6,2 O-二甲基腺苷(m 6A m)在mRNA的5'帽的+1位置的去甲基化。 在这里,芝加哥大学的何川研究组证明FTO的细胞分布在不同细胞系之间是不同的,影响FTO对不同RNA底物的接近。 他们发现FTO结合多种RNA种类,包括mRNA,snRNA和tRNA,并且可以使mRNA内部m 6A和cap m 6A m去甲基化,U6 RNA内部m 6A,snRNA中内部和帽6 m m,以及N 1 tRNA中的甲基腺苷(m 1A)。 FTO介导的去甲基化对具有内部m 6A的mRNA的转录水平的影响大于在测试细胞中具有cap m 6A m的mRNA的转录水平。 他们还表明FTO可以通过催化m 1A tRNA去甲基化直接抑制翻译。 总的来说,FTO介导的RNA去甲基化发生在mRNA和snRNA中的m 6A和m 6A m以及tRNA中的m 1A。

 

Cell,去甲基化

Research summary

 

From Molecular Cell,Differential m6A, m6Am, and m1A Demethylation Mediated by FTO in the Cell Nucleus and Cytoplasm.

DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.08.011 

 

 2.蛋白质条形码实现单细胞水平的CRISPR Screen

 

 CRISPR池被广泛用于鉴定基因功能。然而,利用DNA作为条形码的现有技术允许有限的表型分析和体细胞分辨率。为了实现新颖的筛选功能,本研究开发了一种在蛋白质水平上运行的条形码系统。研究者合成了编码线性表位的三联体组合的模块,以产生> 100个独特的蛋白质条形码(Pro-Codes)。将表达Pro-Code的载体引入细胞中并通过CyTOF质谱法分析。仅使用14种抗体,他们检测到364个Pro-Code群体;建立最大的蛋白质记者集。通过将每个Pro-Code与不同的CRISPR配对,他们同时分析了数十种敲除的多种表型标记,包括磷酸化信号。 Pro-Code / CRISPR筛选发现两个干扰素刺激的基因,即免疫蛋白酶体组分Psmb8和伴侣蛋白Rtp4,对于癌细胞的抗原依赖性免疫编辑是重要的,并且将Socs1鉴定为Pd-l1的负调节物。 Pro-Code技术可以同时对单细胞分辨率的100个基因进行高维蛋白质水平表型分析。

 

CRISPR,蛋白质条形码

 

Figure 1 Single-Cell Analysis of 120 Pro-Code-Expressing Populations.

 

Frome cell: Protein Barcodes Enable High-Dimensional Single-Cell CRISPR Screens

https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.09.022

 

3.CRISPR-Cas引物采集复合物单分子表征

 

CRISPR-Cas系统赋予针对病毒的适应性免疫。在病毒注射后,Cas1-Cas2将病毒基因组的区段(间隔区)整合到CRISPR基因座中。在I型CRISPR-Cas系统中,有效的“引发”间隔物获得和病毒降解(干扰)需要Cascade复合物和Cas3解旋酶/核酸酶。在这里,研究者提出了Thermobifida fusca(Tfu)引物采集复合物(PAC)的单分子表征。研究表明,TfuCascade通过促进一维扩散快速取样非特异性DNA。 Cas3在靶标结合的Cascade上加载,而Cascade / Cas3复合物通过环状DNA中间体转运。 Cascade / Cas3复合物在不同的蛋白质路障中停滞,导致在失速位置发生双链断裂。相比之下,Cas1-Cas2通过3D碰撞瞬时对DNA进行采样。此外,Cas1-Cas2与Cascade结合并与Cascade / Cas3易位,形成PAC。 PAC可以取代不同的蛋白质障碍,这表明了远程间隔物获取的机制。这项工作为基于CRISPR的适应性免疫的协调步骤提供了分子基础。

 

CRISPR-Cas,复合物单分子

 

Figure 2 Graphical Abstract.

From Cell,Assembly and Translocation of a CRISPR-Cas Primed Acquisition Complex.

DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.09.039

 

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