2021年8月13日，来自英国剑桥大学Rebecca C. Fitzgerald团队在《科学》杂志上发表了题为“Molecular phenotyping reveals the identity of Barrett’s esophagus and its malignant transition”的研究论文，利用分子表型分析揭示了巴雷特食管的特征及其恶性转变机制。
Fig 1|巴雷特和食道癌的病因
为了解决巴雷特食管癌细胞起源问题，研究人员从健康和患者供体中采集了跨胃食管连接处的组织，包括分离食管粘膜下腺。利用单细胞转录组学分析、甲基化计算机谱系追踪、开放染色质和体细胞突变分析以及类器官模型功能研究分析相组合的方法，研究发现c-MYC和HNF4A驱动的巴雷特食管转录程序起源于贲门。
此外，该数据表明，即使没有病理学可识别的组织转化前体，食管腺癌也可能来源于未分化的巴雷特食管细胞类型。该研究提供了雷特食管癌的早期检测策略。
据了解，人们对恶行细胞的起源及其致癌倾向知之甚少。巴雷特食管是一种常见的组织转化性疾病，会增加食管腺癌的患病风险，但其细胞起源不明。
（评论：这意味着巴雷特筛查是控制食管癌的重要方法，有助于食管癌的预防。）
文章来源：
Karol Nowicki-Osuch, Lizhe Zhuang et al, Molecular phenotyping reveals the identity of Barrett’s esophagus and its malignant transition. DOI: 10.1126/science.abd1449, Science：最新IF：41.037
2、Nature Genetics：新方法助力揭示肾脏疾病的发生机制
2021年8月12日，来自美国宾夕法尼亚大学Susztak Katalin团队在《自然-遗传学》上发表了题为“Mapping the genetic architecture of human traits to cell types in the kidney identifies mechanisms of disease and potential treatments. ”的最新研究结果，通过描绘人肾脏细胞的遗传结构特征确定了疾病的发生机制和潜在治疗方法。
Fig 2 |实验方案
研究人员揭示了659个人类肾脏显微解剖样本表达数量性状基因座(eQTL)的综合图谱，通过绘制细胞类型丰度和基因型之间的相互作用来识别细胞类型特异性-eQTL。通过使用分层连锁不平衡评分回归来区分遗传性，研究将全基因组关联研究(GWAS)与单细胞RNA测序和单核分析用于转座酶染色质可及性和高通量测序数据分析。
研究人员首先分析了肾功能和内皮细胞近端小管和远端小管段的血压病理。贝叶斯共定位分析确定了200多个与肾功能和高血压相关的基因。该研究阐明了常用抗高血压和肾脏保护药物的作用机制，并揭示了肾脏疾病药物再利用的可能。
（评论：由于遗传变异具有细胞类型依赖性，因此利用GWAS来解析细胞功能具有一定的挑战性。）
文章来源：
Sheng, Xin, Guan et al, Mapping the genetic architecture of human traits to cell types in the kidney identifies mechanisms of disease and potential treatments. DOI: 10.1038/s41588-021-00909-9, Nature Genetics：最新IF：25.455
3、Cell：TDP-43的凝集特性影响其RNA结合和调节范围
2021年8月10日，来自英国弗朗西斯-克里克研究所Jernej Ule、Martina Hallegger等研究人员合作在《细胞》杂志上发表题为“TDP-43 condensation properties specify its RNA-binding and regulatory repertoire.”的研究论文， TDP-43的凝集特性影响其RNA结合和调节范围。
Fig 3| 概图
研究人员创造了一系列TDP-43的C端结构域（CTD）变体，这些变体表现出从低到高的凝集倾向梯度，正如在体外和通过核流动性和灶点形成观察到的那样。值得注意的是，凝集能力是TDP-43在RNA结合区子集上有效组装所必需的，这些子集包含具有特征类型和密度的长模体簇。这些"结合区凝集物"是由同源CTD驱动的相互作用所促进的，并且是有效调节结合的转录物子集所必需的，包括TDP-43 mRNA的自动调节。
研究人员发现，RBP凝集能够以结合区特异性的方式发生，从而选择性地调节整个转录组范围的RNA调控，这对于在信号传递、疾病和进化的背景下重塑RNA网络具有意义。
据介绍，引起肌萎缩性脊髓侧索硬化症（ALS）的突变常常影响RNA结合蛋白（RBP）的凝集特性。然而，RBP凝集在蛋白质-RNA复合物的特异性和功能中的作用仍不清楚。
（评论：学习了）
文章来源：
Martina Hallegger, Anob M. Chakrabarti et al, TDP-43 condensation properties specify its RNA-binding and regulatory repertoire. DOI: 10.1016/j.cell.2021.07.018. Cell：最新IF：36.216
