CUT&RUN和CUT&Tag新技术,专业研究蛋白质/DNA互作

 

组蛋白、转录因子和其他DNA结合蛋白有助于调节我们基因的表达,并参与许多生理和病理过程。在研究蛋白质/DNA相互作用时,理想情况下选择的方法应确保:

 

  1. 可靠地识别出真正的富含目标蛋白质的基因组区域,尤其是从有限的生物样本中;
  2. 蛋白质/DNA复合物的富集是在最小化非特异性背景水平的情况下完成的;
  3. 交互站点的映射具有最小的偏差和高分辨率。

 

分析这种相互作用主流的方法是采用染色质免疫沉淀-CHIP。CHIP是一种基于抗体的方法,用于确定特定目标蛋白质基因组上DNA结合位点的位置。其下游应用包括ChIP-seq (测序)、ChIP-PCR和ChIP-on-chip(微阵列)。

 

ChIP-seq的主要限制是它需要大量的起始材料才能产生足够强的信号,而不是背景噪声。此外,在初始固定步骤中使用交联会导致ChIP抗体识别的表位被掩盖。改进的技术包括ChIP-exo和ChIPmentation等。ChIP-exo提供高分辨率映射,但耗时且需要充足的输入量。ChIPmentation使用转座酶和与测序兼容的适配器来实现ChIP过程中的连接整合,但因遵循传统上缓慢的ChIP程序耗时较长(约2天),无法实现高分辨率映射。

 

ChIP-seq

 

最新开发的技术,使用核酸酶在靶标下切割和释放(CUT&RUN-sequencing)以及在靶标下切割和标记(CUT&Tag-sequencing),用于从低输入材料来绘制蛋白质-DNA相互作用,并显着提高了映射分辨率。然而,这两种技术的成本都较高。CUT&RUN-sequencing使用昂贵的 pA/MNase融合蛋白,该蛋白具有显着的A/T序列偏差,导致目标蛋白结合的DNA 区域谱受到MNase消化水平的严重影响。CUT&Tag-sequencing显示出相同的消化偏差,并且由于Tn5转座酶导致染色质的脱靶可及性,因此特异性较低。

 

为了解决这些问题,EpiGentek开发了两种新技术—CUT&RUN Fast和CUT&Tag In-Place-Sequencing,用于快速富集与蛋白质结合的DNA,并绘制全基因组蛋白质/DNA相互作用图。新技术具有“两高一低”的优势:高分辨、高时效以及低输入。

 

这两种技术将ChIP-exo、ChiPmentation、CUT&RUN测序的优势与多合一试剂盒的快速程序相结合,能够可靠地识别目标蛋白富集区域,并实现高分辨率定位。

 

同时,这两种技术都利用独特的核酸裂解酶混合物。该混合物具有低序列偏倚性,可同时对染色质进行片段化,并在原位切割/去除靶蛋白/DNA复合物两端未结合的DNA序列,然而目标蛋白质占据的DNA则不受影响,从而最大限度地减少免疫捕获/测序的背景干扰。使用这些技术,可以在短短几个小时内从500个细胞或100ng分离的染色质样品开始最终完成文库DNA的制备

 

产品推荐

 

艾美捷科技作为表观遗传领域专业的解决方案供应商,为您推荐EpiGentek品牌CUT&RUN和CUT&Tag技术的相关产品。特别是 EpiQuik CUT&RUN M6A RNA富集试剂盒(P-9018)和EpiNext CUT&RUN M6A RNA-Seq试剂盒(P-9016),可以在最小的非特异性背景水平上,从低输入RNA样本中特异性捕获和富集含有m6A修饰的RNA片段。富集的 RNA 特别适用于快速构建非条形码(单重)和条形码(多重)文库,允许以更小的偏差和高分辨率绘制 m6A 区域。

 

货号 名称 厂家 时长
P-2028 EpiNext CUT&RUN Fast Kit Epigentek <3小时
P-9018 EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit Epigentek <3小时
P-9016 EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit Epigentek <6小时
P-2032 EpiNext cTIP (CUT&Tag In-Place)-Sequencing Kit Epigentek <5小时

 

结果展示

EpiNext CUT&RUN Fast Kit

EpiNext CUT&RUN Fast Kit

 

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文章来源:二高一低:CUT&RUN和CUT&Tag新技术

 

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