长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是指长度大于200 个核苷酸的不参与蛋白质编码过程的DNA 转录产物。而lncRNA命名对于做过microRNA研究的的小伙伴来说，对于lncRNA的命名会经常疑惑，特别是对于拿到高通量数据的小伙伴来说，经常会问，为什么我的lncRNA是RP11-252P19.1，ENST00000412680，NR_028388，BC039327这种，而别人的就是MALAT1，HOTAIR等高大上的feel呢？这就是lncRNA的命名所导致的。
实际上，lncRNA的命名还没有统一的原则，就跟lncRNA的功能一样，没有定法，因此我们这一季选择lncRNA这一角度来从不同的层面阐述分子机制研究的研究方法：表达、活性和定位。功能的复杂性使得我们能从不同的角度对lncRNA进行研究，而lncRNA命名的无规则性又使得我们无所适从。有时候一条lncRNA根据不同的命名方式，会有不同的命名。当然，如果这条lncRNA成名了，比如MALAT1（metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1），我们在做研究的时候就不会局限在肺癌中了，就像朝鲜的现任领导人是最成功的80后一个道理。
那lncRNA的命名原则有哪些呢？看下面详细lncRNA命名的五种方式介绍：
1. 根据lncRNA与疾病的关系，比如：
CCAT1：Colon cancerassociated transcript-1；
MIAT ：myocardial infarction associated transcript，也叫RNCR2 (retinal non-coding RNA 2)；
UCA1：Urothelial carcinoma associated 1 ,
HULC：Highly Upregulated in Liver Cancer。
2. 根据lncRNA与周围基因的位置，比如：
BACE1-AS：BACE1 antisense RNA；
HIF1A-AS2：LncRNA hypoxia inducible factor 1alpha antisense RNA-2
lincRNA HOTAIR：lincRNA HOX transcript antisense RNA；
HOTTIP：lncRNA HOXA transcript at the distal tip (HOTTIP)
而lncRNA asf的命名就直接是调控靶基因Fas的字母反过来。
3. 根据lncRNA与基因上下游的调控关系，比如：
BANCR：BRAF-regulated lncRNA 1，
ATB ： lncRNA-activated by TGF-β，
PANDA：P21-associated noncoding RNA DNA damage-activated。
4. 根据lncRNA参与的生物学功能，比如：
LincRNA-ROR：Long Intergenic Non-Protein Coding RNA, Regulator Of Reprogramming，
Xist： X-inactive-specific transcript，
GAS5：growth arrest-specific 5。
5. 根据在细胞内的定位，比如：
Neat1： LncRNA nuclear-enriched abundant transcript 1。
当然，这是我们根据现在查到的分子进行总结的，有的就直接使用我们前面提到的ENST，RP等ID来用，也未尝不可。
如何命名未知功能的基因应遵循如下要求
未知功能的lncRNA应依据基因组上下文来命名。如果有一个很接近的蛋白编码基因，lncRNA的名字应该以这个编码基因名字开始，加后缀，这个后缀可以按下方式分类：反义（antisense,AS）,BACE1-AS;内含子(intronic,IT）,例如，SPRY4-IT1;重叠（overlapping,OT）,例如，OSX2-OT;一些新的分类方法也应该考虑，特别对这些lncRNA，它们与编码基因是头碰头(head to head),因此推断它们拥有双向启动子，HGNC推荐命名这些lncRNA为反义上游（Antisense upstream,AU）,例如，GENE2-AU1。
大家也应该注意到HGNC并不赞成以剪接变异体来命名，所以两个剪接变异体命名是以其中一个lncRNA基因来命名，例如GENE2-AS1；如果一个lncRNA基因编码的转录本跨多于一个蛋白编码基因，用lncRNA的5’末端的第一个蛋白编码基因来命名，例如GENE-AS2上述命名的基本架构适用于大多数lncRNA，但对于基因密集区域的lncRNA可能就不适用了，这种情况下，你应该与HGNC沟通来解决。
