飞行时间质谱（MALDI-TOF）法SNP分析（PCR），就选TERMIPol-DNA聚合酶

前情提示：

【1】高分辨率熔解曲线（HRM）分析预混Mix（PCR），用于基因筛查，点击了解

【2】分子诊断研发不用愁，看看一步法多重PCR试剂盒-（基于探针）！点击了解

单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）主要指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，是人类可遗传的变异中最常见的一种。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500~1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C→T。

遗传疾病诊断、致病候选基因研究、药物筛选研究、分子标记辅助育种、群体遗传研究等领域都会涉及到SNP分型分析。

SNP基因分型的常见方法有：

Taqman 探针法、SNaPshot法、飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）分型、HRM（高分辨率熔解曲线）分型等技术平台。其中，基于时间飞行质谱（MALDI-TOF）完成的SNP检测准确率可达99.9%，除了准确性高、灵活性强、通量大、检测周期短等优势外，最有吸引力的应该还是它的性价比。飞行时间质谱平台（MALDI-TOF）是国际通用的基因单核苷酸多态性（SNP）的研究平台，该方法凭借其科学性和准确性已经成为该领域的新标准。

为此，我们推荐使用Biogradetech的TERMIPol  DNA聚合酶，适合用于MALDI-TOF质谱法和其他引物延伸平台：

* 如上TERMIPol DNA聚合酶产品均已通过了Bruker与 Agena BioScience平台的验证     

以Agena 平台为例：《MassARRA系统》

原理：首先通过PCR扩增出含有SNP位点的一段DNA（SNP位点前后各50bp左右），然后用SAP酶去除掉PCR 体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸（dNTP）和引物，然后加入一单碱基延伸引物，其3’末端碱基紧挨SNP位点，采用四种ddNTP替代dNTP。这样，探针在SNP位点处仅延伸一个碱基，连接上的ddNTP与SNP位点的等位基因对应。用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异，确定该点处碱基。

实验流程如下：

1、 PCR扩增含有目的SNP 的DNA序列，并通过纯化去除未结合的dNTPs

2、 iPLEX单碱基延伸：纯化后的PCR产物，针对每个靶点SNP设计一条延伸引物，在以ddNTPs为底物的体系中进行单碱基延伸，每个SNP的等位基因延伸产物仅为末端一个碱基的差异。

3、 纯化，并将产物转移到SpectroCHIP芯片上，进行质谱检测，同一个SNP的等位基因由于分子量不同，形成不同的检测峰而被区分。

已发表文章：

【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.” International journal of cancer 144 3 (2019): 569-581 .

【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.” Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .

【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.” Journal of microbiological methods 75 3 (2008): 385-91 .

【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.” Nature Protocols 1 (2006): 1761-1771.

Biogradetech成立于2015年，总部位于美国加利福尼亚州，早期以产品技术研发服务起家，逐步发展了广泛的产品线，并将其商业化销售，包括蛋白质、抗体、酶、培养基、试剂盒和仪器。适用于细胞生物学、蛋白质组学、分子生物学、免疫学、微生物学、诊断学、生物化学、神经科学、血液分析和高通量药物筛选等领域。