中期染色体的主缢痕区域两条染色单体的外侧表层部位，与纺锤丝相连的蛋白质性结构。着丝点的结构主要有两种类型：一种为三层结构，中层厚约 15～ 60毫微米，为无结构的亮区；内层厚 15～ 40毫微米，为颗粒状结构，与着丝粒紧密相连；外层厚 30～ 40毫微米，除连有纺锤丝微管外，还有一些微细的结构。每个着丝点的正面观为圆盘状，直径依物种不同约为 0.2～ 0.8微米，上面连接有 4～ 40条微管，大部分微管与外层相连，少数微管伸入外层以内。三层结构的着丝点多见于动物和少数低等植物。另一种为杯球状结构，染色体朝向纺锤体极的表面有一个杯状凹陷，宽约 1.5微米，杯底有一团球形物质，直径约为 0.8微米，纺锤体微管与球形物质相连。
