实时荧光定量聚合酶链反应（Real - Time PCR）是一种广泛应用的分子生物学技术，以下将介绍其常用的探针类型。
一、SYBR Green I
SYBR Green I 是一种 DNA 结合染料，它能够非特异性地与双链 DNA 相结合。当它与双链 DNA 结合后，会发出荧光信号。这种探针的显著优势在于价格较为便宜，成本较低。然而，它也存在明显不足，由于其缺乏特异性，很容易受到非特异性扩增以及引物二聚体的影响，进而导致定量结果的可靠性降低。不过，可以通过融解曲线分析来区分特异性和非特异性扩增。同时，优化引物设计和反应条件对于消除非特异性荧光具有重要作用。
二、Taqman 探针
Taqman 探针也被称作水解寡核苷酸探针。其 5’端标记有报告荧光基团，3’端标记着淬灭荧光基团。在探针保持完整时，报告荧光基团发出的荧光会被淬灭荧光基团吸收，从而不会产生荧光信号。在 PCR 的延伸阶段，由于 DNA 聚合酶具备 5’－3’外切酶活性，会将 5’端标记的报告荧光基团水解掉，使其远离淬灭荧光基团，此时便会产生荧光信号。Taqman 探针的突出优点是能够利用多种荧光同时进行多重分析，这是 SYBR 等 DNA 结合荧光基团所不具备的特性。
三、分子信标（molecular beacons）
分子信标呈现出发夹结构，其环区能够与目的片段特异性互补，茎区的 5’端和 3’端分别标记有荧光基团和淬灭基团。在自由状态下，分子信标呈发夹结构，荧光基团和淬灭基团紧密接触，能量以热的形式消散，不会产生荧光。在退火过程中，发夹结构打开，环区与目的片段特异性互补结合，荧光基团和淬灭基团分开，进而释放出荧光。与 Taqman 探针相比，分子信标的优势在于可以检测单个核苷酸的突变，适合用于单核苷酸多态性（SNP）分析和等位基因突变分析。但它的设计难度较大，需要避免产生强的背景信号，同时也要防止茎部杂交过强，以免影响其与模板的退火以及荧光的生成。
四、杂交探针
杂交探针是一种新型的荧光探针，由两条探针组成。其中一条在 5’端标记荧光（3’端被封闭，以防止退火后的延伸），另一条在 3’端标记荧光，并且一个为受体荧光基团，另一个为供体荧光基团，供体荧光基团的发射光谱覆盖受体荧光基团的激发光谱。在自由状态下，只能检测到供体荧光基团发出的荧光。在退火时，两条探针会与目的基因特异性结合，形成首尾连接，两个荧光基团互相靠近，供体基团发出的能量会激发受体基团发出荧光，检测时仅检测受体基团发出的荧光。只有当两条探针均与目的基因特异性结合时，才能检测到受体基团发出的荧光，因此该探针检测的特异性大大提高。
五、Scorpion 引物/探针
Scorpion 引物/探针由一条发夹结构的探针和一条引物构成，探针的 5’端和 3’端分别标记有报告荧光和淬灭荧光，3’端通过一个非扩增的单体（用于防止探针退火后的延伸）与引物的 5’端相连。在自由状态下，报告荧光和淬灭荧光距离很近，不会产生荧光。在变性阶段，茎环结构打开，退火时引物与模板结合并延伸，环区与新合成的目的基因的互补区域结合，此时 Scorpion 探针与 PCR 产物处于同一条 DNA 链上，属于分子内的结合。由于发夹结构打开，报告荧光和淬灭荧光分离，因此可以检测到报告荧光发出的荧光信号。由于序列特异性引物和探针处于同一分子上，Scorpion 引物/探针信号产生的速度特别快。
