2023年9月25日，来自南京大学Shuo Huang小组在《自然-方法学》发表了标题为“Unambiguous discrimination of all 20 proteinogenic amino acids and their modifications by nanopore.”的研究成果，研究利用纳米孔无偏倚区分了20种蛋白质氨基酸及其修饰。
据悉，天然蛋白质由20种蛋白质氨基酸及其翻译后修饰组成。然而，由于缺乏合适的纳米孔传感器可以同时区分所有20种氨基酸及其PTM，因此尚未实现利用纳米孔对蛋白质进行直接测序。
研究人员建立一种工程异质八聚体包皮分枝杆菌porin A（MspA）纳米孔，其中包含唯一的Ni2+修饰。它可以完全区分所有20种蛋白氨基酸和4种代表性修饰氨基酸，Nω、N'ω-二甲基精氨酸（Me-R）、O-乙酰苏氨酸（Ac-T）、N4-（β-N-乙酰基-葡萄糖胺基）-天冬酰胺（GlcNAc-N）和O-磷丝质碱（P-S）。在机器学习的帮助下，其准确率达到了98.6%。
研究人员还使用该工具分析了氨基酸补充片剂和肽酶消化的氨基酸。这种同时区分所有20种蛋白氨基酸及其翻译后修饰（PTM）的能力，表明该纳米孔测序方法在蛋白质测序中的巨大应用潜能。
文章来源：
Wang, Kefan, Zhang et al, Unambiguous discrimination of all 20 proteinogenic amino acids and their modifications by nanopore.DOI: 10.1038/s41592-023-02021-8 Nature Methods：最新IF：47.99
