1、有可能是样品被蛋白酶降解，对应的策略是需要添加蛋白酶抑制剂，且所有操作保持4℃以下冰上操作并防止冻融。
2、有可能是抗体浓度太低导致条带较浅，则需要调整IP或IB抗体浓度，必要时设立浓度梯度，摸索最佳浓度。
3、抗体亲合力太低，选用适合于IP或IB的相应抗体；
4、有可能IP抗体未与琼脂糖/磁珠结合。此种情况则需要选选用适合于IP的相应珠子，正确保存防止变质或干燥。
5、若Tag未暴露在融合蛋白构象的表面，则需要改变tag融合表达部位。
6、裂解液盐碱度太高，则需要改用低盐碱度裂解液。
7、目的蛋白在样本中表达量低或者不表达，则需首先对目的蛋白表达量进行检测，或者加大IP中加入的蛋白裂解物并进行预处理。
8、目的蛋白未被洗脱可能导致没有条带，须保证使用合适的洗脱液，保证洗脱液的强度和pH值合适。
9、抗体选择不当或者不工作，则须利用WB对抗体进行验证。
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