材料与仪器
ddH20 Vent 缓冲液 Vent DNA 聚合酶 dNTP 引物 质粒 DNA琼脂糖凝胶电泳所需的试剂和设备 热循环仪
步骤
一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂ddH202. 酶和酶缓冲液10X Vent 缓冲液Vent DNA 聚合酶3. 核酸和寡核苷酸dNTP,各 20 mmol/L引物,可以与合成的 DNA 文库克隆位点两侧的载体序列退火质粒 DNA(见下面第 1 步)4. 特殊设备琼脂糖凝胶电泳所需的试剂和设备,包括溴化乙锭 (见第 5 步)热循环仪二、方法1. 在细菌中扩增后,用随机多肽文库制备的质粒进行下面的反应。10~50ng 的质粒 DNA50pmol 的各引物5ul 的 10X Vent 缓冲液dATP、dCTP、dTTP 和 dGTP, 各 0.5ul1U 的 Vent DNA 聚合酶用 ddH20 定容至 50ul下面的各种质粒载体,应该分别进行反应:表达载体,没有文库 DNA 插入DNA 文库的混合物少量 DNA,由 DNA 文库的单个细菌克隆制备2. 在一个热循环仪中,94°C 将混合物预热 20s。3. 按下面的参数进行 30 轮 PCR 循环。94°C10s55°C10s(或用引物的合适退火温度)72°C15s将最后一个循环的延伸时间延长至 30s。4. 冷却至 4°C。5. 取 25ul 的各反应产物,跑 4% 的琼脂糖凝胶电泳,并用溴化乙锭染色分析(Sam-brook and Russell 2001)三、分析在图 26-4 所示的例子中,用 12 个核苷酸的随机文库混合物作为模板,分析 PCR 产物显示,文库的大部分都含有正确大小的插入(图 26-4,第 2 泳道)。而且,检测不到与原始载体对应的 PCR 产物(比较图 26-4 第 1 泳道和第 2 泳道)。用 PCR 分析随机选择的文库中的单个克隆,证实绝大部分插入片段大小是正确的,而且文库中没有原始载体的污染(图 26-4,第 3~20 泳道)。分析 DNA 的序列证实,这些 PCR 产物正是 12 个核苷酸随机文库的正确成员(数据没有列出)。因此,对反应中间产物(方案 2 图 26-3) 进行 PCR 分析后估计,已经获得了高质量的最终文库(图 26-4)。
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