在有丝分裂完成之后, 大多数高度压缩的染色体要转变成间期的松散状态。但是,大约有百分之十的染色质在整个间期仍然保持压缩状态,将这种染色质称为异染色质。异染色质在分裂期和间期的着色力相同。当用[3H]标记的尿嘧啶作为细胞合成RNA的前体,然后进行细胞固定、切片和放射自显影分析, 发现异染色质不能被标记, 表明它们可能没有转录活性。不过, 有证据表明某些基因位于异染色质区。另外,也并非所有无活性的基因和不转录的DNA区, 都是异染色质区。
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