如何制备双链siRNA?

试剂

丙烯酰胺: 双丙烯酰胺(19 : 1, 40%,m/V)过硫酸铵( 10%,m/V)复性缓冲液(10 X )2‘脱保护缓冲液[100 mmol/L 乙酸,用四甲基乙二胺( TEMED) 调整pH 至3.8]DNA 分子质量标准非变性凝胶上样缓冲液(10X)无核酸酶水siRNA10mg/mL 溴化乙锭TBE 缓冲液( 5X, 0.5 X)

设备

离心机加热模块(37 °C, 60 °C, 95°C)微量离心管(1.5mL)聚丙烯酰胺凝胶电泳仪分光光度计真空离心蒸发浓缩器或者替代品紫外灯涡旋振荡仪

方法

1.将siRNA 溶解于无核酸酶水。使用分光光度计测量siRNA 的浓度 。将RNA 溶液放置冰上以防止RNA 降解。2.进行以下复性步骤,生成20μmol/L 的双链siRNA 溶液。

有义链siRNA 2nmol
反义链siRNA 2nmol
复性缓冲液(10X) 10μL
无核酸酶水 补足至100μL

3. 95 °C 孵育5mm, 37 °C 孵育2h 。将siRNA 溶液保存于-20°C 或者- 80 °C 。4. 利用以下试剂制备一块浓度为12%的非变性聚丙烯酰胺凝胶(如Bio-Rad MiniPROTEAN,8cmX 7.3cmX 0.75mm)

TBE 缓冲液( 5 X )丙烯酰胺: 双丙烯酰胺( 19: 1, 40%,m/V)去离子水 1mL1.5mL补足至5mL
室温下混匀,而后加入
过硫酸铁(10%,m/V)TEMED 50μL5μL

5. 迅速混匀上述溶液, 然后将其倒入制胶仪中使其聚合。6. 将双链siRNA 溶解于2μmol/L 的1X 非变性胶上样缓冲液中。7. 将正义和反义siRNA 分别溶解千4μmol/L 的l X 非变性胶上样缓冲液中。8. 每个样品上样5μL, 在0.5 X TBE 缓冲液中进行电泳,电压5V 。电泳需要在低电压条件下进行以避免样品受热变性。9.电泳结束后,使用溴化乙锭(1 : 20000 溶解于0.5 X TBE 缓冲液中)在室温下染色5min, 在紫外线下观察RNA条带。

配方

复性缓冲液(10 X )

试剂 数量(配制100mL ) 终浓度( 10 X)
乙酸钾( 2mol/L ) 50mL 1mol/L
HEPES-氢氧化钾( KOH ) ( lmol/L, pH7.4 ) 30mL 300mmol/L
乙酸镁( lmol/L) 2mL 20mol/L
补足至100mL
室温下储存。

非变性胶上样缓冲液(1 0 X)

试剂 数量(配制100mL ) 终浓度( 10 X)
Ficoll-400 15g 15% (m/V)
Xylene cyanol FF 250mg 0 25% (m/ V)
溴酚蓝 250mg 0 25% (m/V)
补足至100mL
分装为lmL, -20 ℃ 储存。

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