参照限制性核酸内切酶酶切位点在HLA等位基因DNA序列上的分布情况，根据样本的PCR-RFLP结果，对样本的HLA基因型别进行判断。由于篇幅限制，仅介绍DR1纯合子亚型的鉴定作为说明。
DR1纯合子样本各种等位基因的PCR-RFLP带型：
| DR1等位基因组合 | 限制性核酸内切酶 | |
| Ava II | Pst I | |
| 0101/0101 | 1 | 1 |
| 0102/0102 | 1 | 0 |
| 0103/0103 | 0 | 1 |
| 0101/0102 | 1 | 2 |
| 0101/0103 | 2 | 1 |
| 0102/0103 | 2 | 2 |
0：无酶切位点； 1：一个酶切位点； 2：2个酶切位点（杂合子）
注意事项和经验总结：
1. 上述介绍的分型方法是用于HLA-DRB1高分辨率分型的PCR-RFLP技术，即已知DR型别样本的亚型鉴定，如果用该方法进行HLA-DR杂合子的亚型鉴定，其RFLP带型十分复杂，通常需要借助于计算机软件进行结果判断。
如果进行其他HLA基因或者中分辨率分型，虽然操作过程类似，但必须改变实验条件（包括引物、扩增条件、限制性核酸内切酶的选用、结果解释等）。
2. 用限制性核酸内切酶酶切PCR扩增产物时，可能出现酶切不完全，造成结果分析困难和错误。应采用相应核酸内切酶识别位点阳性的DNA作为对照，及时发现其中的问题并予以解决。
3. 凝胶电泳时使用的DNA染料（如溴化乙锭等）是致突变剂，操作时应戴手套，并注意在规定的范围内操作，废液或废物应妥善处理。
