通常PCR反应以后还要对产物进行酶切才能进入下一步工作。为了方便起见，我们可以将内切酶直接加入到PCR反应产物中去，而省略了纯化产物的步骤。下表归纳了在PCR产物混合物中各种限制性内切酶的酶切活性。
酶切反应条件如下：在20 µl PCR产物混合体系中加入5U的内切酶，按相应的反应温度温育1小时。通常20 µl PCR产物体系中含有1 µg底物DNA，1单位的Vent DNA聚合酶，1× ThermoPol Buffer [10 mM KCl， 20 mM Tris-HCl （PH 8.8@25℃），10 mM (NH4 )2 SO4 , 2 mM MgSO4和0.1% Triton X-100]，以及终浓度为200 µM的dNTPs。表中标记有*的内切酶在酶切反应前需加入NaCl（终浓度为100 mM）或相应的10× NEBuffer（1×终浓度）。
注意：在非最佳条件下进行酶切反应容易出现星号活性。要避免星号活性或希望取得更好的酶切效果，则需用乙醇沉淀纯化DNA，再将其溶解于相应的酶切缓冲液。此外，如果使用不纯的DNA聚合酶，会因其中混有其它核酸酶而影响整个反应结果。
+++表示完全切割；++表示约50%被完全切割；+表示约25%被完全切割。
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酶 在反应物中的活性 Acc I + Acc65 I + + Aci I + + + Acl I + + Afl II + + + Afl III + + Age I + + + Ahd I + + Alu I + + + Alw I + + AlwN I + + Apa I + ++ ApaL I + + + Apo I + + Asc I + + + Ase I + Ava I + + + Ava II + + Avr II + + + none BamH I + + + Ban I + + + Ban II + + + Bbs I + + + Bbv I + + Bcg I + + BciV I + + Bcl I + + + Bfa I none Bgl I + Bgl II + + + Blp I + + + Bmr I + + + Bpm I + + Bsa I + BsaA I + + + BsaB I + + BsaH I + + + BsaJ I + + + BsaW I + + BseR I + + + Bsg I + + BsiE I + + BsiHKA I * + + BsiW I + + Bsl I + + Bsm I + + + BsmB I + + BsmF I + + BsoB I + + + Bsp1286 I + + + BspD I + + BspE I * + + + BspH I + + BspM I none Bsr I + + + BsrB I + + + BsrD I + + BsrF I + + BsrG I + + BssH II + + BssK I + + BssS I + + + BstB I + + + BstE I + + + BstN I + + BstU I + + BstX I + + + BstY I + + BstZ17 I + + Bsu36 I + + + Btg I + + + Bts I + + + Cla I + + Dpn I (none, requires methylated substrate) Dpn II + + + Dra I + + Dra III * + + + Drd I + + Eag I + Ear I + + + EcoN I + + EcoO109 I + + + EcoR I + + EcoR V + + + Fok I none Fse I + + + Fsp I + + Hae III + + + Hga I + + + Hha I + + Hinc II + + Hind III + + + Hinf I + + HinP1 I + + + Hpa I + + + Hpa II + + + Hph I + + + Kpn I + + + Mbo II + + + Mfe I + + Mlu I + + Mly I + + + Mnl I + + + Msc I + + Mse I + + Msl I + + +
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