免疫组化与免疫荧光两者都是蛋白定位的检测(也就是确定蛋白是表达在细胞核/浆/膜)。
其区别是：
1、概念和基本原理
免疫组织化学又称免疫细胞化学,是指带显色剂标记的特异性抗体在组织细胞原位通过抗原抗体反应和组织化学的呈色反应，对相应抗原进行定性、定位、定量测定的一项新技术。它把免疫反应的特异性、组织化学的可见性巧妙地结合起来，借助显微镜的现象和放大作用，在细胞、亚细胞水平检测各种抗原物质，并可在原位显示相应的基因和基因表达产物。免疫组织化学技术现已有:免疫荧光组织(细胞)化学技术、免疫酶组织(细胞)化学技术、亲和组织化学技术、免疫金银及铁标记免疫组织化学技术等。
免疫荧光组织(细胞)化学技术是采用荧光素标记的已知抗体(或抗原)作为探针，检测待测组织、细胞标本中的靶抗原(或抗体)，形成的抗原抗体复合物上带有荧光素，在荧光显微镜下，由于受高压汞灯光源的紫外光照射，荧光素发出明亮的荧光，这样就可以分辨出抗原(或抗体)的所在位置及其性质，并可利用荧光定量技术计算抗原的含量。以达到对抗原物质定位、定性、定量测定的目的。
2、标本制作:
免疫荧光一般用冰冻切片，减少杂质干扰；而酶免疫组化一般用石蜡切片或冰冻切片均可以。
3、实验步骤:免疫荧光染色步骤简单，而酶免疫组化方法较为复杂，多了DAB显色过程。
4、染色后的标本保存:免疫荧光染色后的标本一般短时间拍照，时间长了荧光衰退;而酶免疫组化染色标本可以长期保存。
5、免疫组化结果除了知道蛋白是在细胞浆还是细胞膜表达高些，还可以用软件做相对定量分析。
6、免疫荧光得到的图片是彩色的，漂亮一些适合观察。
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