两种细胞分选的区别如下：
1、设施器材：流式分选要准备流式细胞仪等你各种仪器较为复杂；磁珠分选只需要准备磁珠等一起，较为简便。
2、实验难度：流式分选前要调节仪器，操作难度较高；磁珠分选无需调节仪器操作难度低。
3、实验抗体：流式分选使用荧光素偶联抗体；磁珠分选用磁珠结合抗体。
4、分选纯度：流式分选纯度约为90%；磁珠分选纯度为80%~90%。
5、多参数识别：流式分选可以根据几种标记物的分析结果同时识别多个参数；磁珠分选每次只能根据一个参数分选。
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