简介
菌群检测，以第二代测序技术为代表的宏基因组技术突破了依赖于传统细菌培养方法的技术瓶颈，以其快速、高通量等特点，已成为菌群结构研究的有力工具。
材料与仪器
器材：二代测序仪。
试剂：细菌RNA提取试剂盒。
步骤
菌群检测的基本过程可分为如下几步：
A. 收集粪便、小鼠体内的细菌，提取RNA。
B. 通过细菌中的 16SrRNA基因的全部或部分序列作为分子标签来代表物种，从而对菌群的组成结构进行分析。
C. 将获得的 16SrRNA 基因序列与RDP、SILVA、Greengenes数据库进行比对，可确定细菌的分类地位。
D. "全微生物组关联分析" (MiWAS) 遂渐发展，可有效研究差异菌或功能基因是否与宿主健康状态密切相关。
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