固相pH梯度的优缺点
固相pH梯度可窄至pH0.1的范围，因此分辨率极高，可达0.001pH；pH梯度稳定，不漂移；灵活性大，可随意选择pH梯度和斜率；重复性好；加样容量大；样品中盐的干扰小；对碱性蛋白质也能很好的分离，无边缘效应，故可用很窄的胶条（如5mm宽）聚焦，特别适合于双向电泳的第一相，但固相pH梯度灌胶技术复杂，只能使用聚丙烯酰胺凝胶，电泳时候需要高电压，电泳时间长，窄范围pH测定困难，只能计算。
pH范围的选择
固相pH梯度分辨率高，故使用预窄pH范围的分离，对未知样品，应先用宽pH范围的载体两性电解质聚焦大致确定其等电点位置，再用固相pH梯度凝胶精确分离，对复杂成分样品和双向电泳的第一相，应采用宽范围的固相pH梯度凝胶。
蛋白质的可溶性和添加剂
固相pH梯度等电聚焦时，样品的处理方法同载体两性电解质等电聚焦方法大致相同，甚至要求比后者还低，但是一些蛋白质的可溶性很低，或在接近等电点时可溶性很低，此时必须使用增加可溶性的添加剂，如载体两性电解质、尿素、去垢剂等提高分离效果。膜蛋白等电聚焦时，样品和凝胶中加入载 体两性电解质可增加膜蛋白的可溶性。
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