DNA甲基化研究的建议工作流程
流程概览
1. 流程从提取高质量样本开始。提取类型（DNA或核蛋白提取）将取决于后续要进行的检测类型。
2. 在任何DNA甲基化研究的初期，始终建议对样本进行全局DNA甲基化定量分析。以5-甲基胞嘧啶（5-mC）DNA为例，这是研究最为广泛的DNA甲基化修饰，基于ELISA的P-1030试剂盒是一个很好的起点。此外，针对其他修饰（包括5-羟甲基胞嘧啶[5-hmC]、5-醛基胞嘧啶[5-fC]和N6-甲基腺苷[m6A]）的类似试剂盒也已推出。
3. 下游检测包括对相应DNA甲基转移酶和去甲基化酶的活性/抑制分析。
4. 随后通过PCR或NGS在位点特异性水平上对甲基化DNA进行更深入的检测。DNA亚硫酸氢盐转化（单碱基）和MeDIP/hMeDIP（多碱基）试剂盒也归入这一部分。MeDIP/hMeDIP和ELISA试剂盒中包含的针对5-mC和5-hmC修饰的高灵敏度和高特异性抗体也可单独购买，并已验证可用于其他应用，包括DNA结合（DB）、免疫荧光（IF）和免疫组化（IHC）。
一．样本制备
| DNA提取试剂盒 | ||
| 货号 | 名称 | 应用 |
| P-1003 | FitAmp General Tissue Section DNA Isolation Kit 组织切片DNA分离试剂盒 | 有效地在载玻片上的任何目标显微组织区域分离DNA |
| P-1009 | FitAmp Paraffin Tissue Section DNA Isolation Kit 石蜡组织切片DNA分离试剂盒 | 高效地从甲醛固定石蜡包埋组织切片样本中分离DNA |
| P-1017 | FitAmp Urine DNA Isolation Kit 尿液DNA分离试剂盒 | 有效地从尿液中分离DNA |
| P-1018 | FitAmp Blood and Cultured Cell DNA Extraction Kit 血液和培养细胞DNA提取试剂盒 | 有效地从血液白细胞和培养的哺乳动物细胞中分离DNA |
| P-1022 | EpiMag High Throughput DNA Isolation Universal Kit 高通量DNA分离试剂盒 | 利用磁珠技术对各种生物样品进行快速、经济高效的高通量DNA分离，包括组织、培养细胞、血液、骨髓、小鼠洗涤、灰褐色皮毛、尿液、脑脊液、口腔刮擦、痰、细菌、真菌、植物和粪便 |
| P-1004 | FitAmp Plasma/Serum DNA Isolation Kit 血浆/血清 DNA分离试剂盒 | 从血浆或血清样本中分离出微量的DNA |
| P-1065 | EpiQuik Circulating Cell-Free DNA (ccfDNA) Isolation Easy Kit 循环无细胞DNA （ccfDNA）分离简易试剂盒 | 以简单快捷的方式从血浆或血清样本中分离循环游离DNA（ccfDNA） |
| 核蛋白提取试剂盒 | ||
| 货号 | 名称 | 应用 |
| OP-0002 | EpiQuik Nuclear Extraction Kit 核蛋白提取试剂盒 | 从细胞或组织中分离和提取核蛋白，同时保持酶的活性不变 |
二．DNA甲基化整体水平定量分析
| 甲基化修饰类型 | 货号 | 名称 | 应用 |
| 5-mC | P-1030 | MethylFlash Global DNA Methylation (5-mC) ELISA Easy Kit (Colorimetric) 全局DNA甲基化(5-mC) 定量检测试剂盒（比色法） | 检测5-甲基胞嘧啶（5-mC）的水平来量化全局DNA甲基化 |
| P-1035 | MethylFlash Methylated DNA Quantification Kit (Fluorometric) 全局DNA甲基化(5-mC) 定量检测试剂盒（荧光法） | 检测5-甲基胞嘧啶（5-mC）的水平来量化全局DNA甲基化 | |
| P-1039 | MethylFlash Urine 5-Methylcytosine (5-mC) Quantification Kit (Colorimetric) 尿液DNA甲基化(5-mC) 定量检测试剂盒（比色法） | 用抑制竞争免疫分析法比色定量尿液中的5-mC | |
| P-1040 | MethylFlash Urine 5-Methylcytosine (5-mC) Quantification Kit (Fluorometric) 尿液DNA甲基化(5-mC) 定量检测试剂盒（荧光法） | 用抑制竞争免疫分析法比色定量尿液中的5-mC | |
| 5-hmC | P-1032 | MethylFlash Global DNA Hydroxymethylation (5-hmC) ELISA Easy Kit (Colorimetric) 全局DNA羟甲基化(5-hmC) 定量检测试剂盒（比色法） | 通过特异性测量5-羟甲基胞嘧啶（5-hmC）水平，比色法定量检测全局DNA羟甲基化状态 |
| P-1037 | MethylFlash Hydroxymethylated DNA Quantification Kit (Fluorometric) DNA羟甲基化(5-hmC) 定量检测试剂盒（荧光法） | 通过特异性测量5-羟甲基胞嘧啶（5-hmC）的水平，荧光定量全球DNA羟甲基化 | |
| 5-fC | P-1041 | MethylFlash 5-Formylcytosine (5-fC) DNA Quantification Kit (Colorimetric) 5-甲酰基胞嘧啶（5-fC）定量检测试剂盒（比色法） | 比色法定量5-甲酰基胞嘧啶（5-fC） |
| m6A | P-9010 | MethylFlash m6A DNA Methylation ELISA Kit (Colorimetric) m6A DNA定量检测试剂盒（比色法） | 比色法定量DNA中的N6 -甲基腺苷（m6A或6mA） |
三．DNA甲基化相关蛋白酶分析试剂盒
| 蛋白酶指标 | 货号 | 名称 | 应用 |
| DNMT | P-3139 | EpiQuik DNMT Activity/Inhibition ELISA Easy Kit (Colorimetric) DNMT 活性/抑制性ELISA检测试剂盒 | 使用核提取物或纯化酶测量DNA甲基转移酶活性或抑制作用 |
| P-3010 | EpiQuik DNMT Activity/Inhibition Assay Ultra Kit (Fluorometric) DNMT 活性/抑制性检测试剂盒（荧光法） | 荧光测量DNA甲基转移酶活性或抑制作用 | |
| DNMT1 | P-3006A | EpiQuik DNMT1 Activity/Inhibitor Screening Assay Core Kit DNMT1 活性/抑制剂筛选试剂盒 | 选择性筛选DNA甲基转移酶1活性/抑制剂 |
| DNMT3B | P-3007A | EpiQuik DNMT3B Activity/Inhibitor Screening Assay Core Kit DNMT3B 活性/抑制剂筛选试剂盒 | 选择性筛选DNMT3B活性/抑制剂 |
| DNA demethylase DNA去甲基化酶 | P-3008 | EpiQuik DNA Demethylase Activity/Inhibition Assay Ultra Kit DNA去甲基化酶活性/抑制性检测试剂盒 | 用于使用来自广泛物种的核提取物测量总DNA去甲基化酶活性或抑制情况 |
| TET | P-3086 | Epigenase 5mC-Hydroxylase TET Activity/Inhibition Assay Kit (Colorimetric) 5mc-羟化酶TET活性/抑制测定试剂盒（比色法） | 用于测量酶活性或TET抑制水平 |
| P-3087 | Epigenase 5mC-Hydroxylase TET Activity/Inhibition Assay Kit (Fluorometric) 5mc-羟化酶TET活性/抑制测定试剂盒（荧光法） | 测定总胞嘧啶加氧酶TET酶的活性/抑制 | |
| TDG | P-3094 | Epigenase Thymine DNA Glycosylase (TDG) Activity/Inhibition Assay Kit (Colorimetric) | 胸腺嘧啶DNA糖基酶（TDG）活性/抑制测定试剂盒（比色法） |
| m6A demethylase m6A去甲基化酶 | P-9013 | Epigenase m6A Demethylase Activity/Inhibition Assay Kit (Colorimetric) m6A去甲基酶活性/抑制测定试剂盒（比色法） | 使用核提取物或纯化的m6A去甲基化酶（如FTO和ALKBH5）测量总m6A去甲基化酶的活性/抑制 |
四．特定位点DNA甲基化分析-单碱基（亚硫酸氢盐转化+PCR/NGS）
重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变，PCR扩增所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶，最后,对PCR产物进行测序并且与未经处理的序列比较,判断是否CpG位点发生甲基化。亚硫酸氢盐转化也可以与其他下游应用相结合，包括定量PCR（甲基化特异性PCR），可用于对亚硫酸氢盐转化后的DNA进行qPCR检测。
| DNA重亚硫酸盐转化试剂盒 | ||
| 货号 | 名称 | 应用 |
| P-1001 | Methylamp DNA Modification Kit DNA修饰试剂盒 | 化学法DNA亚硫酸氢盐转化 |
| P-1016 | Methylamp Whole Cell Bisulfite Modification Kit 全细胞亚硫酸氢盐转化试剂盒 | 直接从细胞、组织、唾液、尿液或血液中转化 |
| P-1026 | BisulFlash DNA Modification Kit DNA修饰试剂盒 | 快速（30分钟）热法DNA亚硫酸氢盐转化 |
| P-1008 | Methylamp 96 DNA Modification Kit 96孔板DNA修饰试剂盒 | 高通量转化；基于微孔板 |
| P-1010 | Methylamp One-Step DNA Modification Kit 一步法DNA修饰试剂盒 | 快速（1小时45分钟）DNA亚硫酸氢盐转化 |
| P-1067 | BisulPlus Loci 5mC & 5hmC Detection PCR Kit 位点5mC & 5hmC检测PCR试剂盒 | 使用极少量输入DNA，通过PCR同时可靠检测5hmC和5mC |
| 重亚硫酸盐转化测序试剂盒 | ||
| 货号 | 名称 | 应用 |
| P-1055 | EpiNext Post-Bisulfite DNA Library Preparation Kit (Illumina) 后亚硫酸氢盐DNA文库制备试剂盒（Illumina） | 从亚硫酸氢盐处理的DNA直接进行NGS文库制备 |
| P-1056A | EpiNext High-Sensitivity Bisulfite-Seq Kit (Illumina) 高灵敏度亚硫酸氢盐测序试剂盒（Illumina） | 从低输入DNA进行简化亚硫酸氢盐测序NGS文库制备 |
| P-1069 | EpiNext RRBS Library Fast Kit 亚硫酸氢盐测序（RRBS）DNA文库快速制备试剂盒 | Illumina平台制备代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS） DNA文库 |
| 重亚硫酸盐转化PCR试剂盒 | ||
| 货号 | 名称 | 应用 |
| P-1028 | Methylamp MS-qPCR Fast Kit 定量甲基化特异性PCR | 用于亚硫酸盐转化DNA和甲基化DNA的定量PCR分析 |
五．特定位点DNA甲基化分析-多碱基（甲基化DNA免疫沉淀+PCR/NGS）
甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP）是一种用于鉴定基因组甲基化区域的技术，涉及甲基化DNA片段的特异性捕获和富集。
| 甲基化DNA免疫沉淀试剂盒 | ||
| 货号 | 名称 | 应用 |
| P-1015 | Methylamp Methylated DNA Capture (MeDIP) Kit 甲基化DNA富集试剂盒 | 样本适用于纯化的DNA, 用于甲基化DNA片段的富集和捕获 |
| P-1052 | EpiQuik MeDIP Ultra Kit 甲基化DNA富集试剂盒 | 可用于低输入量的DNA样本，用于甲基化DNA片段的富集和捕获 |
| P-2019 | EpiQuik Methylated DNA Immunoprecipitation Kit甲基化DNA富集试剂盒 | 细胞样本，用于甲基化DNA片段的富集和捕获 |
| P-2020 | EpiQuik Tissue Methylated DNA Immunoprecipitation Kit 组织甲基化DNA富集试剂盒 | 组织样本，用于甲基化DNA片段的富集和捕获 |
| P-1038 | EpiQuik Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation (hMeDIP) Kit 羟甲基化DNA富集试剂盒 | 样本适用于纯化的DNA, 用于羟甲基化DNA片段的富集和捕获 |
| qPCR试剂盒 | ||
| 货号 | 名称 | 应用 |
| P-1029 | EpiQuik Quantitative PCR Fast Kit 定量PCR试剂盒 | 用于MeDIP/hMeDIP DNA的定量PCR分析 |
