研究特定基因的甲基化状态，可采用亚硫酸氢盐转化法或甲基化DNA富集法。
1. 亚硫酸氢盐转化
为了评估特定基因的甲基化状态，亚硫酸氢盐转化通常是第一步，然后进行多种下游应用。在亚硫酸氢盐转化过程中，DNA经亚硫酸氢钠处理，未甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶对这种处理不敏感，仍保持为胞嘧啶。在DNA扩增过程中，尿嘧啶被识别为胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶仍保持为胞嘧啶。这使得可以区分胞嘧啶的甲基化状态。
在亚硫酸氢盐处理后，用于特定基因DNA甲基化分析的常见下游方法包括亚硫酸氢盐测序和甲基化特异性PCR（MS-PCR）。根据下游应用的不同，可以确定最适合的亚硫酸氢盐转化方法，尤其是由于转化后片段大小的差异。DNA修饰试剂盒（货号P-1026）专门针对实时MS-PCR，而 DNA修饰试剂盒(货号P-1001)则设计为与Illumina工作流程和下一代测序（NGS）兼容。对于含有低量DNA的样本，建议使用全细胞亚硫酸氢盐修饰试剂盒(货号P-1016)，因为它可以直接从细胞、组织、血液和其他起始材料进行转化。在处理大规模亚硫酸氢盐转化实验时，高通量选项至关重要，以节省时间和降低成本，在这种情况下，DNA亚硫酸氢盐转化磁珠-96试剂盒（货号P-1008）专门针对高通量，采用基于磁珠的96孔格式。
1.1 亚硫酸氢盐测序（甲基化测序）
亚硫酸氢盐DNA转化与测序相结合（亚硫酸氢盐测序）是DNA甲基化研究的金标准，因为它可以提供特定基因的单碱基分辨率信息，明确每个单独胞嘧啶的甲基化状态。在测序过程中，未甲基化的胞嘧啶会被读作胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶则被读作胞嘧啶，从而能够区分胞嘧啶的甲基化状态。亚硫酸氢盐测序可以在全基因组范围内进行，也可以更有针对性地针对特定基因开展。
使用亚硫酸氢盐处理后DNA文库制备试剂盒（货号P-1055），可以直接从亚硫酸氢盐处理后的DNA构建与Illumina兼容的文库，用于甲基化测序。在成功完成亚硫酸氢盐转化后，为基于各种Illumina平台的亚硫酸氢盐测序（亚硫酸氢盐测序）检测准备DNA文库，例如全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）、氧化亚硫酸氢盐测序（oxBs-seq）、简化表示亚硫酸氢盐测序（RRBS）以及其他基于亚硫酸氢盐的下一代测序应用。
对于从低输入量DNA进行简化流程的亚硫酸氢盐测序NGS文库制备，可以使用高灵敏度亚硫酸氢盐测序试剂盒（货号P-1056A）。该试剂盒旨在将DNA进行亚硫酸氢盐转化，并为基于Illumina的亚硫酸氢盐测序准备文库，所有步骤都包含在一个试剂盒中。
1.2 甲基化特异性PCR（MSP）
亚硫酸氢盐DNA转化与定量PCR相结合（甲基化特异性PCR）能够对特定DNA区域的甲基化状态进行特定基因的评估。然而，它无法提供正在检测区域内每个单独胞嘧啶位点的信息。通常情况下，这是一种有力的技术，用于验证通过亚硫酸氢盐测序获得的甲基化结果，也是一种较为省力且成本效益较高的技术，可用于同时评估多个样本中感兴趣基因的甲基化状态。可使用MS-qPCR快速试剂盒（货号P-1028）进行快速、特异且灵敏的甲基化特异性定量PCR
2. 富集甲基化DNA（meDIP或MBD）
基于亲和力的富集甲基化DNA的方法，如甲基化DNA免疫沉淀（meDIP）或甲基化CpG结合域（MBD），是不依赖于DNA亚硫酸氢盐处理的替代技术。
2.1 甲基化DNA免疫沉淀（meDIP）
通过使用针对5-甲基胞嘧啶（5-mC）特异性的抗体进行免疫沉淀来富集甲基化DNA，从而评估基因组中特定基因或区域的甲基化状态（meDIP）。该技术无需通过亚硫酸氢盐处理对DNA进行修饰。获得的甲基化DNA随后可以通过NGS进行测序（meDIP-Seq），或者通过qPCR进行分析（meDIP-PCR）。MeDIP试剂盒（货号P-1052）可用于高效富集和捕获甲基化DNA片段。与无法区分5-mC和5-羟甲基胞嘧啶（5-hmC）的亚硫酸氢盐测序不同，该技术还可用于5-hmC的免疫沉淀，hMeDIP试剂盒（货号P-1038）。
2.2甲基化CpG结合域蛋白（MBD）
甲基化DNA还可以通过MBD蛋白进行捕获富集。MBD蛋白能够结合甲基化DNA，尤其偏好CpG二核苷酸，并通过招募额外的蛋白复合体来介导基因沉默。EpiGentek提供用于细胞系样本的甲基-CpG结合域蛋白2（MBD2 ） ChIP试剂盒（货号P-2017），基于使用针对MBD2特异性的抗体进行MBD捕获，以实现甲基化DNA的染色质免疫沉淀。
