去污剂是蛋白质生命的一部分，用于细胞裂解以及变性蛋白质，但是去污剂会干扰蛋白质水平和蛋白质功能的测定。
要测定含有去污剂的样品中蛋白质的水平，可以有两个选择：
- 标准曲线的测定中包括相同比例的去污剂。得到一个准确的定量是必须的。去污剂会影响标准曲线的线性读数，你可以稀释样品到线性范围，但是对于低浓度的蛋白质样品这个方法不可行。
- 用可以带有去污剂的蛋白质测量方法。一些公司有用于带有或不带有去污剂的试剂，例如，Bio-Rad 的蛋白质测量基于Bradford, 但是没有提供样品中的去污剂。Bio-RadDC 蛋白质测定，基于老的Lowry 法，可以有离子和非离子的去污剂存在。
如果分离蛋白质，可能不得不去除去污剂。去污剂去除的方法取决于去污剂、蛋白质和缓冲液。一般当去污剂的浓度高到临界微团浓度(CMC) 时，可以通过稀释轻松去除，如果低于临界微团浓度，就要基于分子量来去除。特殊情况可以咨询别人意见，特别是很难得到的蛋白质没有时间试验，不合适的温度或者盐浓度都可能很快让溶液变成晶体或者泥浆。
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