在体内富集组蛋白或转录因子 (TF) 复合物的 DNA,然后进行下一代测序,为研究全基因组蛋白质-DNA 相互作用提供了有利的工具。它允许分析与活细胞中 DNA 序列结合的特异性蛋白质。这种分析要求该方法能够可靠地识别真正的靶蛋白富集区域,特别是从有限的细胞样品中。这些样品可能包括从组织中分离的稀有细胞群、从整个细胞群中分选的特定细胞以及原代培养的亚群细胞,例如胚胎细胞。此外,该方法应确保富集的 DNA 包含最少的背景,并且蛋白质-DNA 结合区域的定位具有最小的偏差和高分辨率。长期以来,实现这一目标的主要方法是染色质免疫沉淀,然后进行测序 (ChIP-Seq)。然而,ChIP 的主要限制是它需要 1) 大量的输入材料、细胞或组织,以在背景噪音中产生足够强的信号;2) 在初始固定步骤中交联。有几种先进的方法可用于 ChIP-Seq,可以减少细胞数量或提高分辨率。这些方法包括 ChIP-exo、ChIPmentation。ChIP-exo 提供高分辨率的作图,但非常耗时,并且需要充足的输入细胞供应。虽然 ChIPmentation 使用转座酶和测序兼容的接头在 ChIP 过程中实现连接的整合,但它遵循传统的缓慢(2 天)ChIP 程序,无法实现高分辨率定位。
产品名称 | 货号 | 规格 |
EpiNext™ cTIP (CUT&Tag In-Place) 测序试剂盒 EpiNext cTIP (CUT&Tag In-Place)-Sequencing Kit |
P-2032 | 12次反应 24 次反应 |
EpiNext™ cTIP (CUT&Tag In-Place) 测序试剂盒是从哺乳动物细胞开始成功进行 cTIP-Seq 所需的一整套试剂。该试剂盒旨在从低起始量细胞/染色质中富集蛋白质(组蛋白或强结合转录因子)特异性 DNA 复合物,并使用 Illumina Genome Analyzer II、HiSeq 和 MiSeq 系统等 Illumina 平台为下一代测序制备文库。该试剂盒的创新工作原理、优化的方案和组分允许以最小的非特异性背景水平捕获靶向蛋白质/DNA 复合物,并快速构建非条形码(单重)和条形码(多重)文库,以便以更少的偏差和高分辨率绘制靶蛋白-DNA 相互作用区域。
优点和特点:
- 高富集度:使用独特的核酸切割酶混合物,具有低序列偏差,可同时片段化染色质并切割/去除靶蛋白/DNA 复合物两端的任何 DNA 序列,而不会影响靶蛋白占据的 DNA。因此,可以可靠地识别真正的目标蛋白富集区域,并实现高分辨率映射。
- 低输入材料:稳定的无超声处理片段化、未结合的 DNA 切割和免疫捕获均在同一个单管中进行微珠连接处理。该方法允许在细胞和组织中使用,并以最小的样品损失实现对目标蛋白的最大降解保护。因此,输入细胞量可低至 500 个细胞或染色质量低至 50 ng。
- 就地标记:在 DNA 纯化之前,DNA 接头与染色质的磁珠上连接(原位)会导致 DNA 片段大小增加,从而可以纯化与转录因子 (TF) 结合的极短片段(例如:< 70 bps)用于文库构建。
- 最小背景:在靶蛋白/DNA 复合物的两 (2) 端原位切割未结合的 DNA 序列,可实现最小的免疫捕获/测序背景,从而允许< 1000 万个读数进行数据分析。
- 快速、简化的程序:从细胞到文库 DNA 的过程不到 5 小时。
- 非常方便:该试剂盒包含 CUT&Tag 原位测序每个步骤所需的所有组分,足以用于蛋白质/DNA 捕获和捕获的 DNA 文库制备,从而使 cTIP (CUT&Tag In-Tag-Place) 测序试剂盒最方便,获得可靠且一致的结果
Epigentek 公司是全球领先的表观遗传学相关研究的技术创新者和产品开发供应商。开发了超过700多个专利产品,为表观遗传学方面的研究和新药研发提供全面系统的解决方案,涵盖样品制备、DNA/RNA甲基化(5-mc, 5-hmc, 5-fc, m6A)/DNMT分析、ChIP、组蛋白甲基化/乙酰化/去乙酰化/磷酸化/SUMO-等领域,提供小分子抑制剂、蛋白质、抗体、以及分析试剂盒产品。