"细胞-细胞间交互"近年一直是高分文章大受关注领域，以外泌体（或者胞外囊泡）及其成分（如RNA、脂质和蛋白）、线粒体转移（比如隧道纳米管介导的）、配体-受体（比如膜配体、分泌性配体以及膜受体）为代表，倘若你同样怀有这份兴趣，那该怎样着手深入研究呢？今天，我打算重点这三种作用方式的研究方法。
一、外泌体介导的细胞间通讯
外泌体是细胞分泌的纳米级囊泡，携带蛋白质、RNA等生物分子，通过与受体细胞融合或被内吞，传递信号调节其功能。
外泌体的生物发生、降解和分泌
研究方法：
1）外泌体分离、鉴定和表征方法
外泌体分离常用差速超速离心、密度梯度超速离心、过滤、超滤等传统方法，也可用微珠、微流控芯片等新技术。鉴定时需检测外泌体的蛋白标志物，如CD9、CD63、CD81等，常用Western blot。表征包括形态和粒径分布，可使用透射电子显微镜（TEM）、纳米颗粒跟踪分析（NTA）等。
2）外泌体示踪细胞间传递方法
示踪方法包括荧光染料标记，如PKH26、PKH67等，可直接与外泌体脂质双层膜结合；核酸标记，将外泌体核酸标记为荧光或放射性探针；蛋白质标记，用GFP等标记外泌体表面蛋白；还可利用磁性纳米颗粒标记，通过磁共振成像追踪。
3）外泌体成分的组学分析
外泌体组学分析主要包括蛋白质组学、转录组学和脂质组学。蛋白质组学通过质谱技术分析外泌体中的蛋白质组成；转录组学利用高通量测序技术研究外泌体中的RNA种类和表达水平；脂质组学采用质谱技术分析外泌体中的脂质组成。
4）外泌体与受体细胞共培养方法
将提取纯化的外泌体加入受体细胞培养液中，通过观察受体细胞的反应和表型来研究外泌体对受体细胞的影响。此外，也可标记外泌体后进行共培养，实时监测其在受体细胞中的动态变化。
二、线粒体转移
粒体可通过隧道纳米管（TNTs）、细胞外囊泡或直接细胞外释放等方式从一个细胞转移到另一个细胞，支持受体细胞的代谢需求。
线粒体从 REC 转移到受体细胞的路线
研究方法：
1）线粒体分离和鉴定
线粒体分离通常采用差速离心法，先低速离心去除细胞碎片和核，再高速离心沉淀线粒体。鉴定方法包括透射电子显微镜（TEM）观察其双层膜结构，以及通过特异性抗体（如抗TOM20抗体）进行Western blot检测。
2）分离线粒体后与细胞共培养
将分离的线粒体加入受体细胞培养液中，通过荧光显微镜或流式细胞术观察线粒体是否被摄取。也可利用化学诱导供体细胞线粒体耗竭后与受体细胞共培养，比较处理前后受体细胞的差异。
3）细胞共培养体系下的线粒体标记和示踪
使用荧光染料（如MitoTracker）或荧光蛋白（如GFP）标记供体细胞的线粒体，然后与受体细胞共培养。通过荧光显微镜或共聚焦显微镜观察线粒体在受体细胞中的分布，从而示踪线粒体转移。
4）单细胞测序结合MERCI分析
获取共培养的癌细胞和T细胞的转录组数据后，应用MERCI算法识别线粒体突变（mtSNVs）并估计癌细胞中外源线粒体的相对丰度。通过比较突变频率，确定T细胞特有的突变，将细胞分类为潜在的线粒体供体和受体。并通过计算DNA和RNA排名分数，预测线粒体的受体细胞和供体细胞。
三、配体-受体结合
配体与受体结合后，诱导受体构象变化，激活下游信号通路，调节细胞功能。
研究方法：
1）阻断性抗体阻断受体活化
使用针对受体特定区域的阻断性抗体，该抗体可特异性结合受体，阻止配体与受体结合，从而抑制受体的活化。通过检测下游信号通路的激活情况（如蛋白磷酸化水平），评估阻断效果，用于研究受体活化的功能和信号传导机制。
2）中和性抗体降低配体浓度
利用中和性抗体与配体特异性结合，形成抗体-配体复合物，从而降低游离配体的浓度。通过检测细胞对配体的反应（如细胞增殖、细胞因子分泌等），评估中和效果，用于研究配体在生理过程中的作用和调控机制。
3）配体-与受体在组织与细胞共培养体系下的染色与共定位
在共培养体系中，分别用荧光标记的抗体对配体和受体进行染色。通过荧光显微镜或共聚焦显微镜观察两者的荧光信号，分析其共定位情况。共定位分析可借助软件计算共定位系数，判断配体与受体是否在同一细胞区域聚集，从而推断二者在生理条件下的相互作用。
4）免疫共沉淀验证配体-与受体结合
将细胞裂解后，加入针对受体的特异性抗体，孵育使抗体与受体结合。再加入蛋白A/G琼脂糖珠，通过抗体与珠子结合沉淀受体蛋白复合物。最后通过Western blot检测沉淀物中是否存在配体蛋白，若检测到配体，则说明二者在细胞中存在结合。
5）表面等离子共振检测配体-受体结合强度
将受体固定在SPR芯片表面，配体在流动相中通过芯片表面。SPR技术可实时监测配体与受体结合过程中的折射率变化，从而获得结合亲和力（KD）、结合速率常数（ka）和解离速率常数（kd）等动力学参数，用于定量分析二者的结合强度。
6）分析配体与受体结合后受体构象改变
