在基因调控和表观遗传学研究中，了解蛋白质与 DNA 的相互作用至关重要。Atlas Antibodies 最新推出的 ChIP-Exo-Seq 技术，为这一领域带来了新的突破！
ChIP-Exo-Seq 技术概述
1.1 ChIP-Exo-Seq 的定义与发展历程
ChIP-Exo-Seq（染色质免疫沉淀结合外切酶消化及高通量测序）是一种全新的基因组学技术，由康奈尔大学的 Frank Pugh 教授于 2011 年开发。它通过结合染色质免疫沉淀（ChIP）和外切酶消化，实现了对蛋白 - DNA 互作位点的单碱基分辨率检测。这一技术的出现，标志着蛋白质 - DNA 互作研究进入了一个新的时代。
1.2 ChIP-Exo-Seq 的技术原理
ChIP-Exo-Seq 技术的核心在于其独特的外切酶消化步骤。在传统的 ChIP 技术中，蛋白质与 DNA 的结合位点通常只能被定位到相对较宽的区域（约 300 bp）。而 ChIP-Exo-Seq 通过引入外切酶（如 λ-外切酶），能够将未被蛋白质保护的 DNA 片段从 5' 端向 3' 端逐步消化，从而精确地定位到蛋白质与 DNA 的结合位点，实现单碱基分辨率的检测。
1.3 ChIP-Exo-Seq 的技术流程
ChIP-Exo-Seq 的实验流程主要包括以下几个步骤：
1. 细胞固定与染色质提取：使用甲醛处理细胞，固定蛋白质与 DNA 的相互作用，然后提取染色质并将其片段化。
2. 染色质免疫沉淀：使用特异性抗体捕获目标蛋白质及其结合的 DNA 片段。
3. 外切酶消化：对捕获的 DNA 片段进行外切酶处理，去除未被蛋白质保护的 DNA。
4. 接头连接与文库构建：将处理后的 DNA 片段连接到测序接头，并通过 PCR 扩增构建测序文库。
5. 测序与数据分析：对文库进行高通量测序，并将测序结果比对到参考基因组，分析蛋白质与 DNA 的结合位点。
ChIP-Exo-Seq 的优势
2.1 高分辨率
ChIP-Exo-Seq 实现了单碱基分辨率的蛋白质 - DNA 互作检测，相比传统的 ChIP 和 ChIP-Seq 技术，能够更精确地定位转录因子结合位点和组蛋白修饰位点。
2.2 低背景噪声
外切酶消化步骤能够有效去除未被蛋白质保护的 DNA，显著降低背景信号，提高信噪比，从而减少假阳性结果。
2.3 精准定位
ChIP-Exo-Seq 生成的尖锐峰图能够精确标记蛋白质与 DNA 的结合位点，为基因调控和表观遗传学研究提供更准确的数据支持。
2.4 高可靠性
即使对于一些难以研究的靶标，ChIP-Exo-Seq 也表现出色，能够提供可靠的检测结果。
ChIP-Exo-Seq 的应用领域
3.1 转录因子结合分析
ChIP-Exo-Seq 能够精确识别转录因子结合的 DNA 序列，助力基因表达调控研究。通过分析转录因子在不同条件下的结合位点变化，可以深入了解其在基因调控中的作用机制。
3.2 组蛋白修饰图谱绘制
ChIP-Exo-Seq 可以精确描绘组蛋白甲基化、乙酰化等修饰的基因组位置，为表观遗传学研究提供高分辨率的数据支持。这些数据有助于揭示组蛋白修饰在基因表达调控和染色质结构变化中的作用。
3.3 表观遗传调控研究
ChIP-Exo-Seq 能够深入探究蛋白质 - DNA 互作如何影响基因表达和染色质动态变化。通过比较不同细胞类型或不同发育阶段的蛋白质 - DNA 互作图谱，可以揭示表观遗传调控的分子机制。
3.4 比较基因组学
ChIP-Exo-Seq 可以比较不同条件、组织、细胞系或物种之间的蛋白质 - DNA 互作差异。这些比较研究有助于揭示基因调控的进化保守性和物种特异性。
Atlas Antibodies 的 ChIP-Exo-Seq 技术验证
4.1 验证背景与目标
Atlas Antibodies 与康奈尔大学合作，对 748 种一抗进行了严格的 ChIP-Exo-Seq 验证。这一验证旨在评估这些抗体在染色质免疫沉淀中的表现，以确定它们是否能够满足高分辨率蛋白质 - DNA 互作研究的需求。
4.2 验证方法与流程
验证实验主要在人类 K562 细胞系中进行，部分抗体还在其他细胞系（如 MCF7、HepG2、NCCIT、Hek293 和 GM12878）中进行了评估。验证流程遵循严格的 ChIP-Exo-Seq 标准，包括抗体性能评估、峰值分辨率分析和基序富集检测。
4.3 验证结果与分析
验证结果显示，748 种抗体中有 370 种通过验证，成功率达到 50%。这一成功率远高于传统 ChIP 实验中常见的约 20% 的验证率。通过验证的抗体在转录因子结合分析、组蛋白修饰图谱绘制和表观遗传调控研究等领域表现出色，为科学家们提供了一个高质量、高特异性的抗体资源库。
4.4 验证案例分析
以 Anti-ELF1 抗体（HPA001755）为例，与市场上其他商业抗体相比，Atlas Antibodies 的 Anti-ELF1 抗体在 K562 细胞中表现出显著更高的目标富集度和更低的信噪比。这一结果表明，Atlas Antibodies 的抗体在 ChIP-Exo-Seq 实验中具有更高的特异性和可靠性。
Atlas Antibodies 的 ChIP-Exo-Seq 验证抗体产品
5.1 产品分类与推荐
Atlas Antibodies 提供了一系列经过 ChIP-Exo-Seq 验证的抗体产品，适用于多种细胞系和应用需求。这些抗体产品根据其靶标蛋白的类别进行了分类，包括染色质重塑因子、染色质修饰因子、DNA 相关蛋白、通用转录因子、中介复合体、核受体、信号转导蛋白、转录因子与辅因子等。
5.2 产品特点与优势
这些经过 ChIP-Exo-Seq 验证的抗体产品具有以下特点：
1．高特异性：经过严格的 ChIP-Exo-Seq 验证，能够特异性地识别目标蛋白质。
2．高亲和力：在染色质免疫沉淀中表现出色，能够高效捕获目标蛋白质及其结合的 DNA 片段。
3．高分辨率：适用于单碱基分辨率的蛋白质 - DNA 互作研究，提供精确的结合位点信息。
4．高可靠性：在多种细胞系和实验条件下表现出稳定的性能，为科学研究提供可靠的数据支持。
5.3 产品应用实例
以 Anti-CTCF（HPA004122）为例，该抗体在 K562 细胞中表现出色，能够精准定位 CTCF 结合位点。通过 ChIP-Exo-Seq 实验，研究人员可以清晰地看到 CTCF 在基因组上的结合位点，从而深入了解其在基因调控中的作用机制。
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ChIP-Exo-Seq 技术与其他技术的比较
6.1 ChIP-Exo-Seq 与传统 ChIP 技术的比较
传统 ChIP 技术只能检测到较宽的 DNA 区域，而 ChIP-Exo-Seq 通过外切酶消化实现了单碱基分辨率的检测。这使得 ChIP-Exo-Seq 在转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的定位上更加精确。
| ChIP | ChIP-Seq | ChIP-Exo-Seq | |
| 定义 | 使用抗体检测蛋白质-DNA相互作用 | 结合ChIP与高通量DNA测序 | 添加核酸外切酶消化以精确映射相互作用 |
| 分辨率 | 低（广泛的DNA区域） | 中等（结合区域约300 bp） | 高（结合位点的单碱基分辨率，1 bp） |
| 方法输出 | 蛋白质结合的DNA片段 | 显示更宽峰的测序数据 | 显示精确蛋白质-DNA接触点和热图的尖锐峰 |
| 关键步骤 | 蛋白质-DNA复合物的免疫沉淀 | 免疫沉淀+测序 | 免疫沉淀+核酸外切酶消化+测序 |
| 噪声 | 高（可能拉下非特异性DNA） | 中等（测序的背景信号） | 低（通过核酸外切酶去除未结合的DNA） |
| 复杂性 | 简单协议 | 中等复杂 | 中等复杂（需要核酸外切酶处理） |
| 应用 | 基本的蛋白质-DNA相互作用研究 | 蛋白质-DNA相互作用的全基因组映射 | 精确定位蛋白质-DNA结合位点 |
| 优势 | 简单，低成本 | 高通量，全基因组数据 | 单碱基分辨率，降低噪声 |
6.2 ChIP-Exo-Seq 与 CUT&RUN/TAG 技术的比较
CUT&RUN/TAG 技术虽然也能实现高分辨率的蛋白质 - DNA 互作检测，但 ChIP-Exo-Seq 在背景噪声控制和结合位点定位精度上具有明显优势。此外，ChIP-Exo-Seq 的实验流程相对简单，更适合大规模的基因组学研究。
Atlas Antibodies 的 ChIP-Exo-Seq 技术和经过验证的抗体产品，为基因调控和表观遗传学研究提供了强大的工具。它们不仅提高了蛋白质 - DNA 互作研究的分辨率和可靠性，还为科学家们探索生命奥秘开辟了新的道路。选择 Atlas Antibodies，开启您的高分辨率基因组学研究之旅。艾美捷作为Atlas Antibodies中国区代理商，我们也将一如既往更加努力为国内用户提供快捷、方便的高质量产品，同时更为您售前售后全面技术支持。
如下是部分已验证抗体信息，详情请参照Atlas Antibodies官网信息介绍
1 Chromatin Remodeler
| Product Name | Product ID | Recommended Applications | ChIP-Certified Cell line |
| Anti-ARID5A | HPA023879 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC, WB | K562 |
| Anti-ATXN7L3 | HPA064316 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC, ICC | K562 |
| Anti-BRD4 | HPA061646 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC, ICC | K562 |
| Anti-BRD9 | HPA023197 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC | K562 |
| Anti-CHD1 | HPA022236 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-CHD4 | HPA012008 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-CHD7 | HPA053075 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-CHD9 | HPA049420 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC | K562 |
| Anti-EP400 | HPA049013 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-HMG20A | HPA008126 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-HMG20B | HPA069832 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC | K562 |
| Anti-INO80 | HPA041484 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-INO80C | HPA049060 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-MBD2 | HPA067615 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-PBRM1 | HPA059373 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, WB, ICC | K562 |
| Anti-POGZ | HPA008781 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-SFMBT2 | HPA035448 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC | K562 |
| Anti-SMARCB1 | HPA019127 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC, WB | K562 |
| Anti-SMARCC1 | HPA026853 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC, WB | K562 |
| Anti-SMARCD1 | HPA004101 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, WB, IHC, ICC | K562 |
| Anti-SMARCE1 | HPA003916 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, WB, IHC, ICC | K562 |
| Anti-SRCAP | HPA028929 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC | K562 |
| Anti-SUPT3H | HPA024371 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-SUPT5H | HPA029273 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, WB, IHC, ICC | K562 |
| Anti-VPS72 | HPA065709 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-WDR82 | HPA040427 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, WB | K562 |
2 Chromatin Modifier
| Product Name | Product ID | Recommended Applications | ChIP-Certified Cell line |
| Anti-BRD3 | HPA051830 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-DMAP1 | HPA028419 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-EP300 | HPA003128 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-ING1 | HPA052591 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-ING2 | HPA021517 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC, WB | K562 |
| Anti-KDM1A | HPA053660 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-KMT2A | HPA044910 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-MLLT10 | HPA005747 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-NSD3 | HPA018893 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC | K562 |
| Anti-PRDM10 | HPA026997 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, WB, IHC, ICC | K562 |
| Anti-PRDM2 | HPA005809 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
| Anti-SETD5 | HPA035574 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC, ICC | K562 |
| Anti-SIRT2 | HPA011165 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC, ICC | K562 |
| Anti-TOX3 | HPA040376 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC | K562 |
| Anti-WDR5 | HPA047182 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
3 DNA-Related Proteins
| Product Name | Product ID | Recommended Applications | ChIP-Certified Cell line |
| Anti-ERCC3 | HPA046077 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-ORC2 | HPA073881 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, WB | K562 |
| Anti-TET1 | HPA057273 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-THAP1 | HPA071310 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
4 General Transcription Factors
| Product Name | Product ID | Recommended Applications | ChIP-Certified Cell line |
| Anti-GTF2A1 | HPA000869 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC, ICC | K562 |
| Anti-GTF2B | HPA061626 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC, WB | K562 |
| Anti-GTF2I | HPA026638 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, WB, IHC, ICC | K562 |
| Anti-GTF3C4 | HPA069369 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, WB | K562 |
| Anti-GTF3C6 | HPA061345 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, IHC, ICC | K562 |
| Anti-TAF1C | HPA072229 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-TAF3 | HPA066184 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC | K562 |
| Anti-TAF5L | HPA067941 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, WB, ICC | K562 |
| Anti-TAF6L | HPA067239 | ChIP-Exo-Seq, ChIP-Seq, ChIP, ICC, IHC | K562 |
