原理
RNA 样品经甲酰胺处理以及经含有甲醛的凝胶电泳分离可能会发生变性，这一方法是从 Lehrachetal. (1977), Goldberg (1980)，Seed (1982a）和 Rosen et al, (1990) 修改而来。RNA 在含有 2.2 mol/L 甲醛的凝胶上电泳分离。
材料与仪器
RNA 样品 RNA 大小标准参照物溴化乙锭 甲醛 甲酰胺 甲醛凝胶电泳加样缓冲液 MOPS 电泳缓冲液琼脂搪凝胶 水平电泳仪 透明直尺 水浴
步骤
一、材料1. 缓冲液与溶液溴化乙锭（200 μg/ml)甲醛甲酰胺10X 甲醛凝胶电泳加样缓冲液10X MOPS 电泳缓冲液2. 凝胶含有 2.2 mol/L 甲醛的琼脂搪凝胶3. 核酸和寡核苷酸RNA 样品RNA 大小参照物4. 专用设备水平电泳仪透明直尺55℃ 水浴二、方法1. 在一灭菌的微量离心管建立变性反应RNA（多达 20 μg） 2.0 μl10X MOPS 电泳缓冲液 2.0 μl甲醛 4.0 μl甲酰胺 10.0 μl溴化乙锭（200 μg/ml） 1.0 μl2. 盖紧微量离心管的盖子，于 55℃ 温育 RNA 液体 60 min，在冰水中冷却样品 10 min，然后离心 5s 并将所有的液体在微量离心管的底部沉淀。3. 加 2 μl 10X 甲醛凝胶加样缓冲液并将试管重新置于冰上。4. 将琼脂糖/甲醛凝胶装入水平电泳槽中，加入足够 1X MOPS 电泳缓冲液覆盖凝胶约 1 mm。电泳 5 min ( 5 V/cm)。加 RNA 样品到凝胶加样孔中，将空胶两侧的两条最外侧的泳道留下，加样 RNA 标准大小参照物。5. 凝胶浸入 1X MOPS 电泳缓冲液中，4~5 V/cm 电压下进行电泳，直到溴酚蓝移出约 8 cm ( 4~5 h)。电泳时用较高电压会导致条带模糊不清。因为电泳缓冲液的 pH 值在电泳过程中会发生变化，装好电泳槽，缓冲液通过蠕动泵不断从一个室到另一个室。每隔一个小时更换一次缓冲液。6. 将凝胶放置于一片 Saran 膜上在紫外线透射仪上观察 RNA 将染色凝胶和紫外线透射的照片用透明的直尺对比。7. 照像并测量照片上每个 RNA 条带至加样孔的距离，以 RNA 片段大小的对数值对 RNA 条带的适移距离作图，用所得曲线计算从凝胶转移到固相支持体后通过杂交计算出 RNA 分子的大小。8. 通过上或下毛细管转移固相化的 RNA 到固相支持物上。
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