HPLC 优点：高压 速度快 分析精度高 所需样本量少，主要用于分析 纯化多肽类 缺点：柱子较贵 有些需要用乙氰甲醇等有毒有害试剂 不能或只能纯化 很小量的蛋白 AKTA 系统 优点： 中低压 容易放大 可大规模纯化蛋白类 常规只用无机盐类试剂 可配备各种介质纯化不同蛋白 可自己灌胶 费用较少 缺点：分析精度没有HPLC高 选用HPLC或AKTA的FPLC主要是依据你的用途而买，分析用HPLC ,大规模纯化用FPLC FPLC供小量（小于explorer)制备用，最大流速只有20ml/min。 HPLC基本是用做分析用，也可用做微量制备。
AKTA和HPLC市场定位是不一样的。从而在从硬件到软件的功能侧重点都各有所长。 样品制备和工艺研究：AKTA 100ml 系列，常用于新药研发机构 兼顾制备和要求不高的分析：AKTA 10ml 系列，常用于科研单位 要求较高的分析，可兼顾少量制备：HPLC 系列，常用于分析测试及科研单位
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